Испытания показали, что вылетающие из-под передней стойки шасси камешки попадают точно в ВЗ. Стойку на «902-м» пришлось сдвинуть на полтора метра назад и укоротить. Но из-за этого пришлось уменьшить бак №1 и, чтобы компенсировать потерю топлива, дополнительные баки разместить в крыле. В мае 1980 г. на этом самолете началось выполнение летной программы этапа «А» Государственных испытаний (ГИ). Бригадой ГК НИИ ВВС руководил И.Кристинов, представителем ОКБ был А.Белосвет, ведущим летчиком-испытателем - В.В.Мигунов, участвовал также летчик-испытатель В.М.Горбунов, а затем подключились В.Кондауров, В.Лотков и др.
Опоздание со сдачей «двойки» и авария «тройки» нарушили стройность графика строительства и запутали нумерацию машин. 5 апреля 1979 г. в воздух поднялся первый МиГ-29 установочной серии (борт 08), которым решили заменить потерянный «903-й» и выполнить программу испытаний силовой установки. За небольшой период заводских испытаний последовательно устанавливались РД-33 серий 0, 1, 2 и 2с. Изделия серии 2с получили ряд важных отличий, главным из которых было нижнее размещение агрегатов маслосисте-мы, что обеспечило удобный доступ к ним. В 1980 г. МиГ-29 №908 был передан на этап «А» ГИ, но в конце года он был потерян. На этот раз разрушился диффузор камеры сгорания двигателя, и снова получила повреждения система управления. Пилотировавшему самолет Федотову пришлось катапультироваться, причем он также получил тяжелые ранения. Приемку двигателей РД-33 прекратили, из-за чего график передачи на летные испытания самолетов опытной и установочной серий опять нарушился. К счастью, дефект был найден, в конструкцию РД-33 внесли соответствующие доработки, и в дальнейшем «изделия 59с» показали себя достаточно надежными. В программе испытаний двигателей использовалась также четвертая машина установочной серии (борт 21).
Испытания устойчивости, управляемости, механической системы управления и САУ самолета МиГ-29 проводились на 4-м опытном образце (№917). В августе 1980 г. он был передан на ГИ. В ходе полетов в ГК НИИ ВВС обнаружились серьезные проблемы, для устранения которых пришлось изменить систему управления по крену. Летом 1982 г. борт 17 доработали, обеспечив дифференциальное отклонение горизонтального оперения (этот вариант был предварительно отработан на 7-й машине установочной серии). В следующем году его система управления еще раз подверглась доработке с целью повышения эффективности на больших углах атаки.
