Спасти «Св. Марию» не удалось. С помощью индейцев, прибежавших из соседней деревни, были выгружены все ценности, съестные припасы, оружие. От тех же индейцев, сновавших вдоль берега на каноэ, через несколько дней узнали, что с востока возвращается «Пинта». На двух каравеллах, «Пинте» и «Нинье», можно было разместить часть экипажа «Св. Марии», но для всех места не хватало. Тем более что Колумб желал взять в Европу несколько индейцев, чтобы подготовить из них переводчиков, а также для наглядности описания Нового Света. Приходилось оставить на берегу 40 человек, пообещав вернуться за ними, как только удастся снарядить новую экспедицию.
8 января 1493 г. Колумб записал в судовом журнале, что должен ускорить возвращение в Европу из-за неповиновения части экипажа. Для тех, кто остался на Гаити, на скорую руку соорудили деревянный форт, который окрестили Навидад (Рождество). За частоколом, защищенным аркебузами и артиллерией, поставили склады с годовым запасом хлеба и вина, с зерном для посева. Кацик, как титуловался местный вождь, обещал помочь поселенцам Навидада. Они, видимо, не очень унывали, рассчитывая в отсутствие Колумба отыскать все то же золото. 16 января, наполнив бочки пресной водой, приняв на борт кое-какое продовольствие и топливо, «Пинта» и «Нинья» направились в обратный путь, к европейским берегам.
Возвращение оказалось куда тяжелее, чем можно было предполагать. Корабли при подготовке к плаванию в Палосе были плохо проконопачены, а потому давали течь, обрекая экипажи на дополнительные усилия в борьбе с водой. Переменчивые ветры требовали часто менять галсы, что было трудно выполнить на «Пинте», где была повреждена фок-мачта. Пинсону, командовавшему «Пинтой», надо было еще на Гаити позаботиться о замене мачты, но он был больше всего увлечен поисками золота. Продуктов не хватало, так как слишком многое пришлось оставить в форте Навидад. К остаткам сухарей и к маниоку, взятому на Гаити, добавляли вина, а иногда — морскую рыбу. Как-то поймали тунца, в другой раз — акулу.
В середине февраля корабли были на полпути в Европу, приблизительно на 40° с.ш., когда с невиданной силой разбушевался океан. Через два дня буря разбросала корабли, и Колумб, шедший на «Нинье», потерял «Пинту» из виду. Приготовившись ко всему, адмирал составил записи о своих открытиях, уложил их в смоленую бочку и бросил в волны. Экипаж божился, что, если спасется, отправит одного из моряков паломником в монастырь св. Марии в Гуадалупе, поставит ей пятифунтовую свечу. Стали тянуть жребий, Кому идти паломником; в мешок бросили горошины, одну из них пометили крестом. Потом давали клятвы всем идти босиком на богомолье, а по прибытии в порт — в ближайшую церковь в одних рубашках. Снова тянули жребий, кому за всех молиться св. Марии в Гуадалупе и Лорето, св. Кларисе в Могере, снова богородице в Уэльве. Моряки знали, кого будут благодарить: св. деву, заступницу перед Господом за кающихся грешников, св. Кларису, отогнавшую молитвами сарацинов от своего города. Когда честь отправиться в Лорето выпала одному из моряков (дорога была неблизкая, в Италию), Колумб пообещал дать ему денег на благое дело. А жребий идти в прочие монастыри, поближе — два рядом с Палосом, один в соседней Эстремадуре — трижды выпадал самому Колумбу.
