Когда каликутский заморин направил послов в Кочин, чтобы открыть глаза союзнику португальцев на их дела, португальцы послов перехватили, отрезали им уши и носы, и на их место пришили собачьи и в таком виде вернули послов обратно. Заморин собрал флот и бросил его вдогонку за португальцами. Судьбу боя вновь решили португальские пушки. Флот индийцев был разбит.
Однако и Каликут, и некоторые другие индийские прибрежные государства, несмотря на поражения, боролись с удивительным упорством. Португальцам стало ясно, что придется держать в океане постоянный сильный флот, а для этого нужны крепости, на которых флот может базироваться. Индия была объявлена вице-королевством Португалии, и первый вице-король, д'Алмейда, отправился туда в 1505 году. Вмешавшись в династические распри в Килве, д'Алмейда посадил на престол своего ставленника и основал там крепость, в которой оставил полутысячный гарнизон. Он построил форты в Софале и Мозамбике, разрушил до основания Момбасу, заключил союз с пиратом Тимоджи, услугами которого решил пользоваться против мусульманского судоходства.
К этому времени известия о зверствах португальцев вызвали возмущение в Передней Азии, и турецкий султан даже пригрозил, что разрушит все христианские святыни в Палестине и Сирии, если португальцы не прекратят террора.
От португальской политики пострадали не только мусульманские торговцы Ближнего Востока — это был удар и по христианской Венеции. Поэтому, когда египтяне стали собирать флот, чтобы разгромить португальцев в Индийском океане, их тайно поддерживали венецианские купцы. Из Венеции поступали корабельный лес и пушки, оттуда прибыли и советники.
В 1508 году египетский флот вышел в Красное море. Под Чаулом он настиг португальскую эскадру, которой командовал сын вице-короля. В бою португальская эскадра была уничтожена и ее командир погиб.
Вице-король собрал все свои силы. У португальцев было явное превосходство в артиллерии, их корабли были подвижнее и крепче, чем египетские. После ожесточенного боя с каликутско-египетским флотом д'Алмейда одержал победу, обеспечившую португальцам господство на морских путях в Индию.
В 1509 году, когда эскадра вице-короля возвращалась на родину, было решено наказать готтентотов, которые «посмели» сопротивляться, когда у них отбирали скот и захватывали рабов. Д'Алмейда сам возглавил карательный отряд. Однако, когда закованные в латы португальцы, преследуя врагов, отошли от берега, готтентотские пастухи сумели прогнать стада между берегом и португальцами. Португальцы были окружены и перебиты. Погиб и вице-король Индии.
