Происхождение йоги пока науке установить не удалось, хотя при раскопках городов протоиндийской цивилизации Мохенджо-Даро и Хараппы (возраст которых не уступает первым династиям Древнего Египта) были найдены так называемые «печати» с изображениями асан, имевших, по-видимому, ритуальное назначение. Первые письменные памятники – Веды – появились, как принято считать, после вторжения в Индостан арийских племён. Если коренная культура была уничтожена именно ими, то за десять веков, прошедших от этого события до возникновения Вед йога, как её элемент, была ассимилирована завоевателями. Образ муни, святого мудреца-отшельника, встречается уже в Ригведе, где он, правда, слабо ещё похож на традиционный образ йогина. В более поздней Атхарваведе есть описания необычных способностей и эффектов, отдельных этапов пранаямы, а также «тапаса», мистического жара, который впоследствии занял видное место в психотехниках средневековья (Тантра) и сектах тибетского буддизма.
В Упанишадах описано множество практик духовно-мистического толка, в том числе элементы будущей йоги, недаром Патанджали назвал свой труд «следующий за...»
В дальнейшем Раджа-йога продолжает модифицироваться, возникают причудливые её формы, которые Мирча Элиаде окрестил «йогическим барокко».
Термин «йога» встречается (в техническом смысле) в Тайттирия и Катха-упанишадах, откуда, собственно, и берёт начало йога брахманизма, позднее появилась йога бхакти, основанная на самозабвенной любви к Богу.
В некоторых моментах йога Упанишад настолько напоминает систему Патанджали, что только слепой не заметит этого сходства, из чего следует логический вывод, что и автор Йога-сутр, и поздние брахманистские изыскания пользовались, скорее всего, единым, гораздо более ранним источником.
Мандукья-упанишада увязывает некоторые приёмы йоги с мантрой «ом» или «аум», отсюда берёт начало так называемая Нада-йога или йога мистического звука (в тантризме это направление развилось настолько, что получило название Мантраяна).
Упанишады составлялись примерно в то же время, что и Сутры, следовательно, тогда первоначальная технология йоги и была впервые изменена, что стало прецедентом. В Тайттирия-упанишаде приводится перечень состояний сознания и упоминается турийя, так называемое «четвёртое состояние», концепция его стала основой множества поздних спекуляций и экстремальных психотехник.
Далее в русле брахманизма возникли Йога-упанишады, среди них основными считаются девять (
