Гофмаршал Матвей Олсуфьев, приехавший вечером пригласить Феодосия на обед во дворец, вероятно, поразился немыслимой дерзости подданного, заявившего, что не может приехать во дворец, так как там он был «обесчещен», и при этом «желчно заупрямился и не пошел». Через три дня Феодосий, вероятно, одумался, но было уже поздно — ему запретили приезжать ко двору. Тогда он самовольно явился в Адмиралтейство, где в присутствии Екатерины спускали корабль «Не тронь меня». Это было уже воспринято как оскорбление чести Ея императорского величества, и еще через два дня Феодосия арестовали.
Бывшие его друзья-товарищи дружно взялись за расследование. И тут стало всплывать все, что до поры, благодаря огромному влиянию руководителя Синода, оставалось на дне. Все его сотоварищи по Синоду — иерархи русской православной церкви — Феофан, Феофилакт, Феофил, — светские чиновники, подчиненные и знакомые стали с охотой и поспешностью вспоминать все «непристойные» высказывания Феодосия как о Петре, так и о Екатерине. Если о Петре церковник выражался в том смысле, что Бог наказал грешника, губителя церкви, тирана и распутника, то о Екатерине он высказывался крайне пренебрежительно, чем и решил свою участь.
Никакие раскаяния, лепетания, что все это он говорил «от малодушия, а не от злобы», «от глупости», конечно, не помогли — суд, проведенный 28 апреля, был скор и суров. За «необычайное и безприкладное на высокую монаршую Е. в. государыни нашия императорскую честь презорство» Феодосий был приговорен к смертной казни, замененной заточением в монастырской тюрьме. Женщина, сидевшая на престоле, показала всем, что власть остается властью и пренебрегать ею не следует.
Конец Феодосия, лишенного архиерейской и иерейской мантий и превратившегося в простого старца холмогорского Корельского монастыря Федоса, был ужасен. 11 сентября 1725 года капитан-лейтенант граф П. И. Мусин-Пушкин получил инструкцию: Федоса «в том монастыре посадить в тюрьму, а буде тюрьмы нет, сыскать каменную келью наподобии тюрьмы с малым окошком, а людей бы близко той кельи не было, пищу ему определить — хлеб да вода». Согласно этой инструкции, Феодосий — человек пожилой — был «запечатан» — замурован под церковью монастыря. В стене было оставлено лишь узкое окошко для подачи пищи. В холоде, грязи, собственных нечистотах прожил строптивый иерарх до конца 1725 года. Понимая, что узник не выдержит архангельской зимы и замерзнет, подведя тем самым начальство, местные власти перевели его в отапливаемую келью, которую также «запечатали». В начале февраля часовые встревожились: Федос «по многому клику для подания пищи ответу не отдает и пищи не принимает». Архангелогородский губернатор Измайлов приказал вскрыть келью — Федос был мертв…
