Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ. В Тамбовской губернии, как и по всей России, создавались ополчения для защиты Отечества. На губернском собрании дворянства, в котором Феодор Феодорович не смог принять участия по болезни, он был избран большинством голосов начальником внутреннего тамбовского ополчения. Предводитель дворянства писал ему: «Долговременная опытность службы Вашей и отличное усердие перед Престолом Российской державы, Вами доказанные, да подадут дворянству твердые способы к ревностным подвигам на пользу общую, да подвигнут всех к благодетельным пожертвованиям и да вдохнут готовность в сердце каждого принять участие к спасению Отечества…» «За благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность, — отвечал адмирал. — С отличным усердием и ревностию желал бы я принять на себя сию должность и служить Отечеству, но с крайним сожалением за болезнью и великой слабостью здоровья принять ее на себя и исполнить никак не в состоянии и не могу». Но, между тем, вместе с темниковским соборным протоиереем Асинкритом Ивановым он устроил госпиталь для раненых, дав деньги на его содержание. Две тысячи рублей им было внесено на формирование 1–го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он «на воспомоше–ствование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага…» Еще в 1803 году им были внесены двадцать тысяч рублей в Опекунский совет Санкт–Петербургского воспитательного дома; теперь он всю сумму с причитающимися на нее процентами передал в пользу разоренных войной: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедствующим и странствующим, не имеющим жилищ, одежды и пропитания». Не только крестьяне окрестных деревень и жители города Темникова, но и из отдаленных мест приезжали к нему многие. С страдальцами, лишившимися имуществ, делился он тем, что имел; обремененных скорбию и унынием утешал непоколебимою надеждой на благость Небесного Промысла. «Не отчаивайтесь! — говорил он. — Сии грозные бури обратятся к славе России. Вера, любовь к Отечеству и приверженность к Престолу восторжествуют. Мне немного остается жить; не страшусь смерти, желаю только увидеть новую славу любезного Отечества!»
Остаток дней своих, по словам того же иеромонаха Нафанаила, адмирал провел «крайне воздержанно и окончил жизнь свою как следует истинному христианину и верному сыну Святой Церкви 1817 года октября 2–го дня и погребен по желанию его в монастыре подле сродника его из дворян, первоначальника обители сия иеромонаха Феодора по фамилии Ушакова же».
