Больше всего Японию беспокоила т. н. «проблема дальневосточных баз», т. е. возможность предоставления СССР своим союзникам по войне в Европе — США и Англии военно-морских и авиационных баз в Сибири и на Дальнем Востоке.
Следующим вопросом, которому Токио придавал особо важное значение в системе отношений СССР — Япония, являлась проблема создания второго фронта в Европе. Япония была заинтересована в его открытии, поскольку правительство и общество страны предполагали, что он отвлечет в Европу значительные силы англосаксонских держав с Тихого океана. Японская пресса бичевала США и Англию за затягивание создания в Европе второго фронта против Германии, обвиняя их в коварном невыполнении обещаний, данных СССР. Лейтмотивом таких сообщений японских СМИ всегда являлось подчеркивание того обстоятельства, что эти старые империалистические хищники дожидаются взаимного истощения СССР и Германии в войне и краха их режимов.
В июне 1943 года СССР жестко поставил перед Японией вопрос о ликвидации концессий на Северном Сахалине. В начале июля 1943 года японский посол Сато сообщил В.М. Молотову о согласии начать переговоры о ликвидации концессий. Только 30 марта 1944 года был подписан в Москве советско-японский протокол о ликвидации японских угольной и нефтяной концессии, которую Мацуока обещал выполнить к 15 декабря 1941 года.
В тот же день решился рыболовный вопрос и был подписан протокол об оставлении в силе 5-летнего срока рыболовной конвенции 1928 года (до декабря 1948 года).
Торговые отношения между Японией и СССР были на очень низком уровне: например, в 1943 году торговый оборот выражался суммой 5,3 млн долл. (в ценах 2008 года). На предложения японской стороны закупить в СССР платину и асбест Москва ответила отказом. Проблема торговых отношений в данный период времени дальше общих пожеланий сторон не выходила.
По требованию Японии СССР соблюдал Пакт о нейтралитете в отношении интернирования экипажей американских бомбардировщиков, совершивших вынужденную посадку на Камчатке и советском Дальнем Востоке. В 1943 году было зафиксировано несколько таких случаев (в августе и декабре т. г.). В дальнейшем, когда американцы в 1944 году отвоевали у Японии острова Тиниан и Гуам, где создали авиабазы своих стратегических бомбардировщиков Б-29, с которых осуществляли налеты на японские острова, количество вынужденных посадок американских самолетов в Приморье значительно выросло — до нескольких десятков. Весной 1945 года Джордж Буш — старший, летавший на одном из бомбардировщиков, был сбит при налете на Токио и ему пришлось провести несколько дней на спасательном плоту в Тихом океане, пока не пришла помощь.
