После заключения Пакта Япония продолжала внимательно следить за развитием ситуации в Европе, в частности, отношений между Германией и Россией. 14 мая т.г. посол Татэкава в беседе с В. Молотовым уточнял, насколько верна информация о возможности нападения Германии на СССР и концентрация германских военных сил на разделяющей их границе. Молотов утверждал: «Для беспокойства нет причин».
В начале июня 1941 года посол Японии в Берлине Осима сообщает, что в беседе с фюрером тот дал понять о намерении Германии вторгнуться в пределы СССР. Этот вопрос был немедленно рассмотрен на заседании постоянного координационного комитета императорской ставки и японского правительства. Тогда премьер Коноэ, представитель Генерального штаба армии Японии Кидо и министр иностранных дел Мацуока отвергли эту возможность и настаивали на сохранении прежнего плана продвижения Японии в район Южных морей.
Одновременно, в советско-японских отношениях продолжалась работа по практической реализации подписанных 13 апреля т.г. документов. 12 июня было парафировано временное торговое соглашение между двумя странами, четко шла работа комиссии по заключению долгосрочного рыболовного соглашения.
Нападение Германии и ее сателлитов на Советский Союз 22 июня 1941 года вызвало в Токио острую правительственную дискуссию, продолжавшуюся до 2 июля. В частности, было принято во внимание предупреждение посла Японии в СССР генерал-лейтенанта Е. Татэкава: «Советский Союз не покорится. Компромисс невозможен. Война должна быть затяжной».
Военный министр Тодзио также предлагал подождать развития событий: «Престиж Японии необычайно поднимется, если мы нападем на Советский Союз, когда он, как спелая хурма, будет готов упасть на землю».
25 июня 1941 года данный комитет принимает «Программу национальной политики империи в соответствии с изменением обстановки». В отношении СССР эта программа требовала, «скрытно завершая военную подготовку против Советского Союза… прибегнув к вооруженной силе, разрешить северную проблему». Однако также особо отмечалось, что Япония может вступить в войну против СССР только в случае, если «германо-советская война будет развиваться в направлении, благоприятном для империи». Соответственно, чтобы создать неблагоприятную для Токио обстановку, советские войска должны были оставаться на Дальнем Востоке. Только в критические дни битвы под Москвой в конце ноября 1941 года более 20 советских дивизий были переброшены в столицу СССР, где они решили исход сражения. Ранее этого сделать было невозможно, чтобы не спровоцировать Японию на выступление в регионе российского Дальнего Востока. «Секретный дневник войны» японского генерального штаба содержит данные о передислокации советских войск в регионе, особо отмечая их переброску в центральные районы страны. июня 1941 года Мацуока заявил: «Подписание пакта о нейтралитете с СССР не окажет воздействия или влияния на Тройственный пакт… Я заявил Отту (посол Германии в Токио), что мы останемся верны нашему союзу, невзирая на положения советско-японского пакта». Через Рамзая (позывной Зорге), который был близким другом германского посла, эти данные уходили в Москву, где понимали, что от удержания советско-германского фронта зависит вопрос о вступлении в войну против СССР Японии.
