После подавления восстания режим Токугавы запретил въезд в Японию для испанцев и португальцев; англичанам и голландцам разрешалось проживать лишь на острове Дэсима, близ Нагасаки. Голландцам и китайцам разрешалось торговать, и для них был открыт два раза в год только один порт — Нагасаки. В 1639 году последовал указ сёгуна об изоляции страны, этот указ прерывал связи Японии с европейскими странами. Исключение было сделано только для голландских купцов. Японцам выезд за пределы трех центральных японских островов был запрещен.
В том же 1639 году русские казаки вышли к Тихому океану и заложили на его Охотском побережье морской порт-крепость Усть-Улья. Уже в следующем 1640 году казак И. Москвитин уходит отсюда на юг Охотского моря и открывает устье реки Амур и северную часть Сахалина. Казацкий атаман Семен Дежнев морским походом из Якутска открывает в 1648 году Берингов пролив и пишет царю в Москву о том, что «Сибирь омывается морем с севера и востока и не встречается с Американским континентом».
Два коча из экспедиции Дежнева уносятся штормами на юг и были выброшены на побережье большого неизвестного «носа» южнее устья р. Анадырь. В 1651 году М. Стадухин проверяет это известие уцелевших казаков и открывает северную часть Камчатки. По сообщениям ученого иезуита д'Авриля, современника событий, не позднее 1667 года на Аляске побывал казак Тарас Стадухин с товарищами. Карту этой неизвестной земли с указанием островов Диомида и западной оконечности «Большой земли» (Аляски) ученый иезуит видел в 1711 году в Якутске с указанием на ней подписи первопроходца: «Тобольск, 1669 год».
Русские экспедиции в северной части Тихого океана следовали одна за другой. В 1695–1696 гг. и 17001701 годах экспедиции Луки Семенова и В.В. Атласова досконально исследуют Камчатку, установив, что эта земля является полуостровом. В 1700 году Атласовым заложен Верхне-Камчатский острог. В следующем году сибирский казак-первопроходец В. Атласов, названный А. С. Пушкиным «камчатским Ермаком», дает подробное описание северных островов Курильской гряды и докладывает в Якутск о существовании к югу от Курил крупного централизованного государства — Японии.
В 1711–1713 годах острова Курильской гряды исследует экспедиция казацкого есаула Ивана Козыревского. И. П. Козыревский побывал на всех двадцати двух островах Курильской гряды, включая 22-й — о-в Матмай (совр. Хоккайдо).
Сообщение И.П. Козыревского о географических открытиях было опубликовано в «Санкт-Петербургской газете» с указанием, что «нифонцы (японцы) далее Матсмаю в северную сторону на иные острова не ходят и живут здесь айны, которые, по собственному заявлению, живут самостоятельно и не в подданстве, а нифонцы зависят от них». Карта Козыревского всех Курильских островов (включая Хоккайдо), а также Камчатки и Сахалина была опубликована Ремезовым в Петербурге в 1719 году.
