В соответствии с Положением, штрафные батальоны создавались с «целью дать возможность лицам среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава всех родов войск, провинившимся в нарушении дисциплины по трусости или неустойчивости, кровью искупить свои преступления перед Родиной отважной борьбой с врагом на более трудном участке боевых действий». Положение предусматривало, что штрафные батальоны находятся в ведении Военных советов фронтов. В пределах каждого фронта в соответствии со сложившейся обстановкой следовало создавать от одного до трех штрафных батальонов, которые могли придаваться стрелковой дивизии или отдельной стрелковой бригаде.
В постоянный состав штрафного батальона входили командир, военные комиссары батальона и рот, командиры и политические руководители взводов, а также остальной начальствующий состав. Командир и военный комиссар штрафного батальона пользовались по отношению к штрафникам дисциплинарной властью командира и военного комиссара дивизии, заместители командира и военного комиссара батальона — властью командира и военного комиссара полка, командиры и военные комиссары рот — властью командира и военного комиссара батальона, а командиры и политические руководители взводов — властью командиров и политических руководителей рот. Всему постоянному составу штрафных батальонов сроки выслуги в званиях, по сравнению с командным, политическим и начальствующим составом строевых частей действующей армии, сокращались наполовину, а каждый месяц службы в постоянном составе штрафного батальона засчитывался при назначении пенсии за шесть месяцев.
В штрафные батальоны в качестве переменного состава на срок от одного до трех месяцев направлялись лица среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава приказом по дивизии или бригаде (по корпусу — в отношении личного состава корпусных частей или по армии и фронту — в отношении частей армейского и фронтового подчинения соответственно). На эти же сроки могли направляться по приговору военных трибуналов (действующей армии и тыловых) лица среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава, осужденные с применением отсрочки исполнения приговора (примечание 2 к ст. 28 Уголовного кодекса РСФСР). Причем командиры и военные комиссары батальонов и полков направлялись в штрафной батальон не иначе как по приговору военного трибунала фронта. Все, кто направлялся в штрафной батальон, подлежали разжалованию в рядовые. Однако разрешалось назначать штрафников на должности младшего командного состава с присвоением званий ефрейтора, младшего сержанта и сержанта.
