Он вернулся из заграничного путешествия к началу обострения борьбы между королем и пуританской буржуазией, завершившейся гражданской войной и победоносной пуританской революцией, свергнувшей короля, и принял активное участие в революции как публицист. Он выступал с теоретическими сочинениями, в которых обосновывал право народа на свержение дурного монарха и утверждал, что единственно законной основой всякой власти является воля народа. Когда победившие пуритане предали суду короля Карла I, Мильтон провозглашал право народа казнить короля.
Мильтон занимает в истории общественно-политической мысли почетное место как идеолог английской буржуазной революции и один из основоположников теории буржуазной демократии. Однако уже в ходе пуританской революции ему пришлось убедиться в различии между теорией и практикой буржуазной революции. Мильтон разделял иллюзии тех революционеров, которые рассчитывали, что свержение короля приведет к созданию подлинно демократического государства. Эти иллюзии были разбиты действительным ходом событий. После победы буржуазии над дворянством власть в стране все больше забирал в свои руки Оливер Кромвель, возглавлявший борьбу против королевского лагеря. Мильтон, сотрудничавший с Кромвелем, призывал его не злоупотреблять властью. Кромвель подавил всякую оппозицию в парламенте, вынудил присвоить ему титул лорда-протектора страны и даже сделал это звание наследственным. Начавшись под лозунгами демократии, буржуазная революция в Англии завершилась единоличной диктатурой Кромвеля.
Неожиданный для Мильтона политический поворот побудил его все больше отдаляться от участия в правительственных делах, к которым он был причастен. Это было обусловлено и тем, что слабый зрением Мильтон в 1652 году совершенно ослеп. Он продолжал исполнение обязанностей латинского секретаря (дипломатическая переписка велась на международном языке того времени латыни) при содействии помощников.
Когда в 1658 году Кромвель умер и протектором стал его безвольный сын Ричард, Мильтон воодушевился и вернулся к политической активности в надежде восстановить демократию. Написанный им памфлет в пользу "быстрого установления свободной республики" не встретил поддержки. Народ был подавлен и устал, а буржуазия нуждалась в крепкой власти для защиты от недовольных неимущих слоев населения. Капиталисты договорились с аристократами, и в стране была восстановлена монархия.
Режим Реставрации сурово расправился с прежними мятежниками, особенно с теми, кто был виновен в казни короля. Мильтону чудом удалось избежать наказания. Слепой, он жил прячась от возможных преследований, опекаемый третьей женой и дочерьми, а также немногочисленными старыми друзьями.
