3 июля Асанья объявил о пересмотре всех военных назначений, сделанных во времена диктатуры, а 14 июля была закрыта единственная общая для всех родов войск военная академия в Сарагосе. Ее начальником был генерал Франсиско Франко. Слушателям академии генерал запомнился призывами к безусловному патриотизму и борьбой за нравственность и здоровье курсантов, которым было предписано всегда иметь с собой презерватив, чтобы не заразиться венерическими болезнями.
Франко не принял республику внутренне, но будучи очень осторожным человеком, демонстрировал внешнюю лояльность новым властям, которые, впрочем, не обманывались насчет его действительных настроений. Приказ о расформировании академии застал Франко на маневрах в Пиренеях. Он решил, что Асанья мстит ему за блестящую карьеру в Марокко. Хотя на самом деле военный министр считал, что преподавание в академии устарело: там не уделяли никакого внимания современным методам ведения боя, а увлекались шагистикой и воспитанием весьма спорных моральных качеств (офицерам внушали чувство кастовости, превосходства над гражданскими людьми, мессианизма). 14 июля 1931 года в своей прощальной речи перед слушателями академии Франко почти открыто критиковал действия правительства. Но когда Асанья сделал ему замечание, будущий диктатор поспешил оправдаться. 21 августа 1931 года в военном министерстве произошла встреча двух будущих врагов. Франко пришлось еще раз выслушать выговор за речь в Сарагосе, и он повторно заверил Асанью в своей лояльности, хотя и с улыбкой намекнул военному министру, что знает об установленном за ним полицейским наблюдением (это было правдой). Асанья смутился и распорядился снять слежку, хотя по-прежнему считал Франко врагом республики.
Помимо закрытия академии в Сарагосе Асанья обязал всех офицеров, желавших обучаться в академиях родов войск, пройти перед этим действительную военную службу и прослушать курс лекций по общественным наукам в гражданских университетах. Кроме того, Асанья расширил возможности сержантского состава получать офицерские звания, чтобы создать новое поколение командиров. Наконец, многие вспомогательные посты в армии были переданы гражданским лицам, на которых было распространено трудовое законодательство республики. Ударом для военных была и отмена пресловутого закона о юрисдикциях 1906 года. Наоборот, теперь все дела военных подлежали рассмотрению обычными гражданскими судами, которым придавались специалисты по военным вопросам.
