В 60-х годах внуку Чагатая Алгую удалось выгнать из Мавераннахра зологоордынских чиновников и восстановить Чагатайский улус. Опираясь на 15-тысячное войско, Алгуй в Чагатайском улусе мог чувствовать себя прочно. В Самарканде, Бухаре и других местах Мавераннахра люди Алгуя сводили счеты со всеми, кто служил джучидам в годы изгнания Чагатаидов. Среди пострадавших за связи с Берке-ханом был и сын знаменитого бухарского шейха Сейф ад-дина Бахарзи. В связи с арестами и казнями была проведена конфискация личного имущества казненных. Было восстановлено в Чагатайском улусе правление откупщика Масудбека. Согласно описаниям Рашид ад-дина, Масудбек, по приказу Мунке-каана, кроме Мавераннахра, управлял еще городами уйгуров, Ферганой и Хорезмом. Таким образом, Масудбек был откупщиком в Чагатайском улусе с небольшим перерывом со времени отъезда его отца Махмуда Ялавача в 1248 г. к великому хану Угедею и до своей смерти, в 1289 году. Чагатайские ханы мало вмешивались в дела управления Мавераннахром и интересовались главным образом доходами с него, которые аккуратно поступали от Масудбека как откупщика налогов и податей. Рашид ад-дин рассказывает, что когда Алгуй-хан взял себе в жены ханшу Эргенэ-хатун, то, зная ее хорошее, полное доверия, отношение к Масудбеку, предоставил последнему Мавераннахр в бесконтрольное управление. Масудбек старался всячески угодить Алгую и беспощадно обирал земледельческое и ремесленное население городов. Благодаря таким поборам дела Алгуя улучшились настолько, что он мог содержать большое и хорошо вооруженное войско.
В 60-х же годах XIII в., вскоре после смерти Алгуя, внутри Чагатайского дома начались расхождения по вопросу о Мавераннахре. Чагатай и его ближайшее монгольское окружение были отрицательно настроены к исламу и исламской культуре. Однако чагатайские ханы - Мубарек-шах и Борак-хан - приняли ислам. Более того: церемония возведения Мубарек-шаха на чагатайский престол в 1266 г. происходила не в долине реки Или, а в Мавераннахре, в долине реки Ангрена, что говорит о перемене взглядов на Мавераннахр и о желании хана быть вблизи этой богатой страны, если не в ней самой. Тогда же вместе с ханом Мубарек-шахом в Мавераннахр перешли и некоторые монгольские роды, в том числе джелаиры и барласы. Первые избрали местом своих кочевий долину Ангрена, вторые - долину Кашка-Дарьи. Эти роды пришли из Семиречья уже в какой-то мере в отношении языка отюреченными. Процесс отюречения на новых местах ускорился; не прошло и столетия, как джелаиры и барласы вошли в состав тюркских племен.
