Тогда папа приказал Манрике рассматривать все апелляции, не учитывая ранее вынесенные приговоры и решения суда.
Если бы эти распоряжения возымели действие, наносимый инквизицией урон был бы существенно меньше, поскольку не пострадал бы никто, кроме упорствующих отступников. Однако это бреве не было даже отправлено. Едва сей милосердный декрет был написан, об этом пожалели и отменили его. Одиннадцать дней спустя Сикст написал Фердинанду, извещая его о содержании бреве, предназначенного для Манрике, и разъясняя, что этот документ еще недостаточно продуман и потому временно приостановлен.
Для монархов становилась нестерпимой позиция Святой палаты, управляемой из Рима, что делало ее непредсказуемым, непоследовательным элементом, чрезвычайно дестабилизирующим ситуацию в государстве – особенно теперь, когда значимость инквизиции быстро возрастала. Поэтому Изабелла отправила новое письмо, умоляя Святого Отца придать этому институту надлежащую форму. Папа согласился, по-видимому, осознав необходимость затребованных действий. Для руководства предполагаемой новой структурой нужен был единоначальник, и фра Томас де Торквемада, известный праведным образом жизни, искренним и бескорыстным служением Богу, блистательным умом и пламенным красноречием, оказался назначенным на этот важнейший пост. В соответствии с процедурой, его рекомендовали папе монархи, и уже по распоряжению Сикста он был назначен сначала Великим инквизитором Кастилии, а вскоре (буллой от 17 октября 1483 года) и Арагона. Так он встал во главе Святой палаты в Испании и приобрел огромнейшую власть. Ему принадлежало право подбирать, смещать и заменять нижестоящих инквизиторов, а те в своих действиях подчинялись лишь ему. Льоренте пишет о Торквемаде:
«Результат оправдал такой выбор. Казалось просто невозможным подобрать другого человека, способного одновременно воплотить в жизнь замыслы короля Фердинанда относительно многочисленных конфискаций, намерения римской курии, которая жаждала распространить на Испанию свою власть и удовлетворить денежные интересы, а также достичь цели инициаторов инквизиции – вдохновить террор аутодафе».
Отныне Торквемада получил власть, сравнимую с властью монархов, и испанская инквизиция вступила в новую фазу. Под управлением и контролем этого человека с железной волей и кротким взглядом сам характер Святой палаты круто изменился.
Сразу после своего назначения он начал переустраивать ее так, чтобы она соответствовала пожеланиям монархов.
