В то время приказом Вышинского на военную прокуратуру был возложен надзор за законностью в деятельности следственных органов не только в Красной Армии, но и в НКВД по так называемым контрреволюционным делам.
Ишов пытался по-настоящему отстаивать законность по делам, расследуемым органами НКВД, бороться с фальсификацией и подлогами, неоднократно информировал о беззакониях Прокуратуры СССР и РСФСР, а в июле 1938 года добился приема у Вышинского. С документами в руках он пытался доказать ему о создании органами НКВД «дутых» дел, о необоснованных арестах, незаконных методах ведения следствия, избиениях и пытках, а также издевательствах над подследственными. «Андрей Януарьевич, — обратился он к Вышинскому, — прошу вас ознакомиться с документами, которые неопровержимо свидетельствуют о создании фиктивных дел, об арестах и расстрелах невиновных, честных коммунистов и беспартийных».
Выслушав внимательно прокурора, Вышинский заявил: «Товарищ Ишов, с каких это пор большевики приняли решение либерально относиться к врагам народа? Вы, прокурор Ишов, утратили партийное и классовое чутье. Врагов народа гладить по голове мы не намерены. Ничего плохого нет в том, что мы врагам народа бьем морду. И не забывайте, что великий пролетарский писатель Максим Горький сказал: «Если враг не сдается, его уничтожают». Врагов народа жалеть не будем».
Далее Ишов пишет: «Долг коммуниста заставил меня доказывать Вышинскому порочность применяемых физических методов при допросах. Хотя я чувствовал, что мои доказательства ни к чему не приводят, все же продолжал настаивать на своем, на что-то надеясь. И вдруг я почувствовал леденящий душу холодок, который стоял в зрачках Вышинского и даже проступал сквозь стекла очков. Этот холодок был в лице, голосе, в обращении, он чувствовался даже в рукопожатии.
Когда я выходил от Вышинского, он, обращаясь к Розовскому (главный военный прокурор. — Авт.) сказал: «Ну что ж, нужно проверить изложенные здесь товарищем Ишовым материалы и принять меры, а поскольку у товарища Ишова в Сибири создались обостренные отношения с руководством НКВД, то переведите его на работу в аппарат Главной военной прокуратуры, а там будет видно».
«Не отношу себя к категории особо легковерных, — продолжал Ишов, — но в том, что Вышинский оказался чудовищным и к тому же коварным человеком, обманщиком, я убедился после отъезда из Москвы. Прошло немного дней, и я ясно увидел, что из всех «врагов народа» самый опасный тот, который прикинулся другом. У меня не было сомнения, что у самого Вышинского и вокруг него все дышало жестокостью и ложью».
