Одним из секретных приказов Вышинский запретил заочное рассмотрение дел «о социально-вредных элементах» на тройках НКВД, а в другом — предписал прокурорам аппарата Прокуратуры СССР производить аресты лиц, явившихся к ним по тем или иным вопросам на прием, лишь с его согласия или согласия его заместителей. Правда, было это еще до репрессий 1937 года.
В течение второй половины 1937 г. и в начале 1938 года «большая чистка» нанесла значительный удар по работникам советской юстиции. Только по данным, имеющимися у авторов, на начало 1993 года установлено 280 репрессированных прокуроров и следователей, из них 90 человек расстреляны по приговорам судов и решениям «троек». Наиболее жестокие преследования осуществлялись в те годы в отношении прокуроров республик, краев и областей. 44 из них были арестованы и осуждены, причем 23 — к высшей мере наказания, а 17 — отправлены в лагеря, где отбывали длительный срок. Впоследствии трое умерли, а один покончил жизнь самоубийством. В числе репрессированных и расстрелянных были и женщины-прокуроры. Все прокуроры, чьи дела проверены, в настоящее время реабилитированы.
Для прокурорских работников был отработан свой особый «трафарет». Как правило, уголовные дела возбуждались по докладным запискам, точнее, по доносам работников органов НКВД, недовольных действиями прокуроров. В них отмечалось, что такой-то прокурор противодействует борьбе с врагами народа, необоснованно отказывает в санкциях на арест, возвращает на доследование контрреволюционные дела, придирается по мелочам к «честным» чекистам. Вскоре появлялась некая оперативная разработка, свидетельствующая о якобы вскрытом антисоветском «подполье» с троцкистским уклоном, а то и о зреющем террористическом заговоре в прокуратуре. Наиболее сильные и влиятельные прокуроры «обкладывались» органами НКВД со всех сторон. На них долго и тщательно собирался компромат, при этом не гнушались даже посылать своих сотрудников в другие города, где ранее работали «неблагонадежные».
Органы НКВД пытались даже расправляться с «законниками» руками самих же прокурорских работников. Один из сотрудников Прокуратуры СССР рассказал на следствии, как его хотели завербовать. С его слов, весной 1938 года к нему обратился «весьма ответственный» работник НКВД СССР с просьбой «помочь органам госбезопасности опытом, приобретенным им на прокурорской работе», а также своей «общеюридической и научной квалификацией» в борьбе с «преступлениями и преступниками в Прокуратуре СССР, в особенности в его верхушечном аппарате». Отказать в такой «просьбе» сотрудник не смог и обещал помочь, хотя никаких подписок не давал. С этого времени он стал устно и письменно передавать информацию в НКВД о том, что происходит в аппарате Прокуратуры Союза. В основном его данные касались следственной работы, степени доверия к статистической отчетности прокуратуры, состояния кадров, недобросовестном, по его мнению, поведении некоторых лиц. Однако вскоре представители НКВД «разъяснили» доносителю, что «область общеуголовных преступных деяний» работников прокуратуры их интересует в гораздо меньшей степени, так как они не склонны «исследовать причины отрицательных явлений в работе прокуратуры», а гораздо более заинтересованы в том, чтобы узнать, «где, кто, как выразился, нет ли у кого антисоветского душка», то есть просили дать оценки политического характера. Когда же сотрудник Прокуратуры, согласившийся «помогать» органам НКВД, не смог удовлетворить их любопытство, его самого отправили за решетку.
