«Манхеттенский проект» был подчинен Президенту через военного министра. Из соображений секретности финансирование его шло, по существу, в обход Конгресса США. О нем знали лишь несколько членов Комиссии по ассигнованиям Конгресса. Первоначальная стоимость оценивалась в 100 миллионов, однако, на самом деле расходы превысили 2 миллиарда долларов, 20-кратная ошибка в оценке расходов указывает на исключительную сложность и непредсказуемость огромного, впервые осуществляемого проекта. Никто не предполагал, что на строительстве только одного плутониевого завода будет занято 45 тысяч человек. Не менее трудно было оценить сроки строительства и ввода объектов в эксплуатацию. Там, где считалось достаточным 1–1,5 года потребовалось в 2–3 раза больше. В начале проектирования предполагалось построить реакторы для производства плутония, заводы по разделению изотопов урана и предприятия по изготовлению атомных бомб. К этим основным добавились вспомогательные объекты и сооружения, поселки и города для расселения персонала, транспортные и энергетические коммуникации, электростанции и многое другое.
Основой основ стало строительство атомных реакторов для получения плутония. Сначала построили маломощную полупромышленную установку с газовым охлаждением в Клинтоне и на основе опыта ее строительства и эксплуатации приступили к сооружению сразу трех промышленных плутониевых реакторов в Ханфорде, штат Вашингтон, У многоводной реки Колумбия вблизи города Ричленда. Для строительства была куплена у местных владельцев территория размером в 2000 квадратных километров, на которой вводился особый режим пребывания.
Весною 1943 года началось строительство первого атомного реактора, а осенью 1944 года он был готов для эксплуатации. Строили завод многие американские строительные и промышленные фирмы, но основной из них была компания «Дюпон» Во время проектирования, изготовления, монтажа реактора Энрико Ферми консультировал компанию «Дюпон». На стадии наладочных работ и пуска он осуще ствлял научное руководство, при этом сделал очень сложные расчеты ранее неизвестных характеристик реактора.
После пуска реактор проработал на полной мощности 3 месяца На каждые 10 ядер урана-235, вовлекаемых в реакцию расщепления, образовывалось 9 ядер нового элемента плутония. После остановки реактора отработавшие топливные стержни извлекли, выдержали в течении месяца, чтобы снизилась радиоактивность до уровня, при котором можно было производить их дальнейшую обработку. Все операции с отработавшими стержнями проводили в специальных помещениях с надежной биологической защитой и использованием дистанционно управляемых механизмов. Тем временем вступали в строй второй и третий реакторы, количество плутония накапливалось.
