Уже в первых показаниях шофера имеются существенные противоречия — в руке стрелявшей (стрелявшего) Гиль заметил браунинг, а убегавшая женщина бросила ему в ноги револьвер. Маловероятно, чтобы опытный, хорошо владевший оружием Гиль ошибся. С. Кудряшов приводит еще несколько деталей, которые свидетельствуют о том, что Гиль давал разные показания. Показания комиссара Баулина, «успевшего» сосчитать количество выстрелов, также крайне противоречивы. При первом допросе он заявил, что задержал Каплан на месте покушения. Впоследствии стал утверждать, что побежал вслед за убегавшими и неожиданно увидел Каплан. Во время беседы с ней «кто-то» крикнул Баулину: «Она стреляла!» И он вместе с подошедшими рабочими окружил Каплан, чтобы ее не растерзала толпа.
Главной вещественной уликой стал револьвер, который после коллективного «осмотра» был признан оружием покушения. Этот револьвер принес один из рабочих, присутствовавший на митинге, прочитав объявление ЧК о розыске. Ни дактилоскопической, ни баллистической экспертизы не проводилось. Следствию многое представлялось слишком простым и ясным. К примеру, пишет ученый, в протоколах допросов часто фигурируют такие фразы: «Кто-то сказал», «крикнул» и т. п. Однако попыток установить этих лиц не было. Массовый опрос присутствовавших на митинге не проводился, так же, впрочем, как и следственный эксперимент. Каплан постоянно твердила, что стреляла одна, и следствие пошло у нее на поводу. Внешняя простота дела и мощный всплеск возмущения среди рабочих предопределили быстрый исход дела Каплан. В своих записках матрос Павел Мальков подтвердил факт собственноручного расстрела Фанни Каплан в Кремле 3 сентября 1918 года в четыре часа дня. Следствие было скоротечным. В ночь на 31 августа арест, а уже третьего сентября — расстрел.
Так стреляла ли Каплан в Ленина? На этот вопрос С. Кудряшов не дает однозначного ответа. По его мнению, ее причастность к покушению неоспорима, в остальном же твердой уверенности быть не может. Следствие располагало признанием самой Каплан, «ее» револьвером и показаниями очевидцев. Однако «свидетели» «узнавали» ту женщину, которую им показывали как задержанную на месте покушения и уже «сознавшуюся». Вполне возможно, считает ученый, что вместе с Каплан стрелял кто-то второй. По крайней мере, когда Ленин упал, к нему пытался подбежать какой-то мужчина с наганом. Угрожая ему своим револьвером, Гиль не подпустил его. Эсеры очень тщательно готовились к терактам, и на подготовку покушения на Ленина были брошены буквально все силы боевиков.
