Адмирал Колчак понимал, что он не только утрачивает инициативу, терпя поражение за поражением, но стоит на грани катастрофы и может потерять все, что имел до этого. Им принимаются энергичные меры для восстановления положения. Собрав воедино все людские и технические ресурсы, имевшиеся восточнее Петропавловска и Ишима, он делает попытку взять реванш за недавние неудачи. Сначала наносит мощный концентрированный удар по 5-й армии. В междуречье Тобола и Ишима завязываются кровопролитные бои. Части Красной Армии не выдерживают натиска белогвардейцев и отступают за реку Тобол.
В середине сентября колчаковцы начали массированное контрнаступление против 3-й армии. В результате прорыва фронта в трудную ситуацию попадает 29-я стрелковая дивизия. Одна из ее бригад была полностью разбита, в результате чего создалась угроза захвата белыми города Ялуторовска. Командарм 3-й армии приказывает Блюхеру срочно перебросить в этот район из Тюмени 153-ю бригаду, передав ее в оперативное подчинение начдива-29.
29-я дивизия все дальше и дальше откатывалась на запад, оставляя своего левого соседа, 51-ю дивизию Блюхера, один на один с отборными, хорошо укомплектованными колчаковскими 7-й и 15-й пехотными дивизиями. Кроме того, против двух измотанных красных бригад были брошены отдельные специальные части, поддерживаемые военной флотилией и авиацией. Колчаковский генерал Франк, погрузив в Томске на пароходы свои ударные батальоны — морскую пехоту, отправил их вверх по реке с тем, чтобы отсечь от основных сил Красной Армии оказавшиеся впереди бригады 51-й дивизии.
К этому времени 151-я бригада подошла к городу Ишиму и сосредоточивала силы к его охвату. И тут Блюхер узнает, что вместе с бригадой он оказался отрезанным от своего штаба. Пришлось отказаться от захвата Ишима и отойти с тракта в леса.
Одновременно белые отсекли от остальных сил 3-й армии 152-ю бригаду. Созданная Колчаком мобильная ударная группа сбила с занятых позиций 454-й и 455-й полки 152-й бригады и 27 сентября захватила Тобольск. Противник рассчитывал вклиниться в глубокий тыл 3-й армии. Вот почему группа Франка, не задерживаясь, стремительно двинулась дальше вверх по реке Тобол. Колчаковское командование ставило перед собой две цели; одну далеко идущую — взять Тюмень и далее нанести серию рассекающих ударов в направлении Екатеринбурга, другую, ближайшую — как можно быстрее соединиться в районе Ялуторовска со своими войсками, рассеявшими 29-ю дивизию, плотно сомкнуть кольцо вокруг попавших в него двух бригад 51-й дивизии и уничтожить их.
