Еще более тревожное положение было в армейских частях. В сообщении от 23 февраля 1918 года Филиппов проинформировал ВЧК о готовящемся нападении группы финских белогвардейцев в Гельсингфорсе и в районе Выборга на российские динамитные и пороховые погреба, так как караульная служба там практически не велась. Он также предлагал «до ухода флота в Кронштадт развернуть вербовку на суда надежных матросов, в том числе из эстонцев и финнов». Одновременно Филиппов указывал на необходимость «срочно командировать в Финляндию надежные отряды красногвардейцев с тем, чтобы навести порядок и усилить местные гарнизоны, а местами просто заменить их». Разведчик настаивал на немедленной организации должного взаимодействия армии и флота, которое к тому времени фактически отсутствовало. По этому вопросу он не раз беседовал с председателем Центробалта П. Е. Дыбенко, находившимся в Финляндии. Филиппову также удалось убедить командующего Балтийским флотом адмирала А. В. Развозова поддержать большевиков. О всех своих действиях Филиппов аккуратно информировал устно или письменно Дзержинского и других руководителей ВЧК.
Сохранившиеся материалы позволяют сделать вывод о том, что результатами своей разведывательной работы Филиппов полностью оправдал надежды Дзержинского. Несмотря на то, что обстановка в Финляндии менялась с калейдоскопической быстротой, Филиппову удавалось выделить самое главное, самое актуальное и своевременно информировать о происходящих там событиях Центр. Его донесения отличались четкостью и лаконичностью. В них всегда содержались конкретные предложения о мерах, которые, по мнению Филиппова, необходимо было предпринять, чтобы повлиять на обстановку в Финляндии и направить ее развитие в нужное для советского государства русло.
Некоторые сообщения А. Ф. Филиппова докладывались непосредственно В. И. Ленину. Так, например, его донесение от 15 февраля 1918 года начиналось следующими словами:
«Товарищ Дзержинский! Завтра возвращаюсь назад с полным, весьма важным докладом. Сейчас сообщаю самую настоятельную просьбу поговорить с Ильичем о непринятии решительных мер до нашего с Вами и с ним свидания».
Далее Филиппов информировал об усилении финской белой гвардии и активизации немецкого военного флота в районе Аландских островов. Он также вносил конкретные предложения об отводе отряда российских кораблей в Кронштадт буксирами. В донесении высказывались соображения о целесообразности оказания Финляндии помощи продовольствием, горючим и смазочными материалами. Одновременно Филиппов предупреждал о необходимости принятия решительных мер, чтобы российские поставки «не попали в руки финских белогвардейцев или, еще хуже, в руки немецкой армии».
