Вскоре Я. Х. Давтян получает новое назначение: он становится полпредом СССР в Венгрии. Однако режим адмирала Хорти не ратифицировал уже подписанный советско-венгерский договор об урегулировании спорных вопросов, и дипломатические отношения между двумя странами так и не были установлены.
В 1924–1925 годах Я. Х. Давтян находится на партийно-хозяйственной работе в Москве. В течение двух месяцев он трудился заместителем председателя треста Чаеуправления, затем занимался партийной работой на фабрике «Большевичка», к партийной ячейке которой он был прикреплен.
В начале 1925 года Я. Х. Давтян возвращается в НКИД и в мае назначается советником полпредства СССР во Франции, которое в то время возглавлял известный революционер и активный сторонник Л. Д. Троцкого Христиан Георгиевич Раковский. В Париже Давтян принимает участие в работе различного рода международных конференций, неоднократно замещает полпреда, которому в Москве не очень доверяли с учетом его близости к Троцкому, и по-прежнему оказывает помощь резидентуре ИНО ОГПУ.
Осенью 1927 года Я. Х. Давтян назначается полномочным представителем СССР в Персии (Иране) и работает на этой должности до декабря 1929 года.
По возвращении в СССР Яков Христофорович был переведен на административную работу. С 3 февраля по 30 июня 1930 года он являлся директором Ленинградского политихнического института и провел его реорганизацию. Под его руководством ЛПИ был разделен на ряд профильных институтов. 1 июля того же года Давтян назначается директором Ленинградского машиностроительного института Высшего совета народного хозяйства (ВСНХ). 23 января 1931 года переводится на работу в ВСНХ СССР — начальником сектора проверки исполнения.
В 1932 году Я. Х. Давтян вновь возвращается в НКИД и назначается полпредом СССР в Греции, а в апреле 1934 года — полпредом СССР в Польше. На 7-м сезде Советов СССР в 1935 году он избирается членом ЦИК СССР.
Однако близкое знакомство в период работы во Франции с одним из видных троцкистов Христианом Раковским не прошло для Давтяна даром. 21 ноября 1937 года Яков Христофорович был арестован в Москве по обвинению в принадлежности к «антисоветской террористической организации». Вскоре он был осужден Военной коллегией Верховного суда СССР к высшей мере наказания и 28 июля 1938 года расстрелян.
25 апреля 1957 года Яков Христофорович Давтян был полностью реабилитирован Военной коллегией Верховного суда СССР в связи с отсутствием состава преступления.
