Головным исполнителем военного раздела программы исследований НЛО был определен один из подмосковных центральных военных научно-исследовательских институтов, а его начальник – крупный специалист в области исследования воздействия радиации и других поражающих факторов на военную технику В.П. Балашов назначен научным руководителем этого направления работ. Непосредственно для выполнения исследований в головном институте МО была сформирована небольшая группа из военных и гражданских специалистов, насчитывающая в разные годы от 4 до 5 человек, которая, по сути дела, и выполнила весь основной объем работ по организации сбора сообщений о наблюдениях НЛО, их обработке и анализе, подготовке отчетных документов. Естественно кроме головного исполнителя работы в состав исполнителей темы были включены и другие научно-исследовательские организации МО различных родов вооруженных сил, научные учреждения оборонно-промышленной отрасли общим числом около 15. Формирование состава исполнителей производилось без принуждения, на добровольной основе, и участие этих организаций в конкретных работах по идентификации НЛО было также добровольным и, как правило, весьма ограниченным.
Руководителем «академического» направления исследований был назначен академик В.В. Мигулин, директор Института земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн АН СССР (ИЗМИРАН), радиофизик, крупнейший специалист в области теории колебаний, распространения радиоволн, радиолокации, а ИЗМИРАН был определен головной организацией этого направления деятельности. Так же как и в МО, для непосредственной работы по теме была сформирована рабочая группа в составе 4–5 человек, руководить которой было поручено Ю.В. Платову. В состав организаций-исполнителей вошли институты АН, организации Госкомгидромета, Высшей школы. Их участие в работах варьировалось от сбора сообщений о наблюдениях НЛО до проведения конкретных работ по анализу собранного материала и разработок физических моделей различных классов аномальных явлений. Хотя к моменту начала работы был собран достаточно большой архивный материал по наблюдениям «странных» явлений, только небольшая часть этих сообщений была подвергнута ретроспективному анализу. В основном это были наиболее хорошо документированные описания различных аномальных явлений. В целом же акцент был сделан на анализ новых сообщений.
Программа исследований строилась на трех основных принципах:
