В воспоминаниях, написанных им после ухода с политической арены, Витте утверждал, что хотя он действительно поддерживал энергичную политику России на Дальнем Востоке, но подразумевал чисто экономическое проникновение, и что его планы были извращены безответственными генералами и политиками. Эти утверждения, однако, не выдерживают критики в свете архивных свидетельств. Планы Витте на экономическое проникновение были взлелеяны в духе современного ему империализма: они подразумевали мощное военное присутствие, которое рано или поздно должно было неизбежно нарушить суверенитет Китая и войти в конфликт с империалистическими амбициями Японии. Это стало очевидно в 1895 году, когда у Витте возникла идея сократить путь Транссибирской магистрали, проведя ее по территории Китайской Маньчжурии. Подкупив китайского государственного деятеля Ли Хун-чжана и пообещав заключить с Китаем оборонительный союз, он добился разрешения китайского правителя. Соглашение об этом было подписано в июне 1896 года во время пребывания Ли Хун-чжана в Москве в качестве представителя Китая на коронации Николая II. Обе стороны обязались оказывать взаимную помощь в случае нападения Японии на одну из них или на Корею. Китай позволял России проложить железнодорожный путь к Владивостоку через Северную Маньчжурию, подразумевая уважение к его суверенитету в этой провинции.
Россия немедленно нарушила условия договора, введя в Маньчжурию многочисленные полицейские и военные соединения и основав в Харбине якобы независимую базу. Во время Восстания боксеров (1900), носившего антизападный характер, Россия послала в Китай дополнительные войска. В 1898 году на основе долгосрочной аренды Россия завладела военно-морской базой в Порт-Артуре.
Эти шаги, вопреки стремлению Николая II к установлению миролюбивых отношений и неодобрению некоторых министров, вели Россию к столкновению с Японией. В ноябре 1902 года высокопоставленные русские сановники собрали в Ялте тайное совещание, на котором рассматривались жалобы Китая на нарушение Россией условий договора и проблемы, вызванные нежеланием иностранцев вкладывать средства в российские дальневосточные предприятия. Участники совещания пришли к общему мнению, что Россия сможет добиться своих экономических целей в Маньчжурии только путем энергичной колонизации; и чтобы русским утвердиться там, правительству следует крепче взять в руки этот регион. Все совещавшиеся, включая и Витте, единодушно признали, что России надо аннексировать Маньчжурию или, на самый худой конец, установить строгий контроль над ней
