Наряду с постоянным совершенствованием форм и методов оперативно-розыскной работы происходила и организационно-структурная перестройка МУРа. В годы гражданской войны и иностранной интервенции служба оперативного состава была организована применительно к административному делению города. В ту пору в Москве было шесть административных районов. В соответствии с этим в МУРе было шесть территориальных районных отделений. Кроме того, в его состав входили летучий отряд по борьбе с карманными кражами, научно-технический отдел, питомник служебных собак. Для проведения облав и других массовых мероприятий была сформирована боевая дружина, насчитывавшая более ста человек. Ее возглавлял бесстрашный чекист В. Шиндлер. В состав столичного розыска входила также губернская группа, обслуживавшая Московскую область.
До апреля 1920 года уголовный розыск наряду с оперативно-розыскной работой осуществлял также дознание по уголовным делам. С апреля в связи с передачей производства предварительного следствия из Наркомата юстиции в Наркомат внутренних дел коллегия НКВД возложила функции следствия на аппараты уголовного розыска. В штат МУРа были введены следователи.
Рост отдельных видов преступлений, характерных для периода нэпа, потребовал создания отделений и бригад, специализирующихся на борьбе с ними. Это были подразделения так называемого активного розыска — по борьбе с бандитизмом и убийствами, с кражами и профессиональными воровскими группами, с мошенничеством и другие.
К концу двадцатых годов назрела необходимость дальнейшей реорганизации уголовного розыска. Она диктовалась рядом обстоятельств, среди которых немаловажное значение имели поиск более совершенной структуры этой службы и потребность в обновлении ее личного состава. Ставилась задача оздоровить обстановку, освободиться от людей недобросовестных, а также перестроить уголовный розыск организационно.
В начале тридцатых годов в состав МУРа влился большой отряд новых сотрудников. Начальником Московского уголовного розыска назначается руководитель одного из отделов ОГПУ Ф. П. Фокин, его заместителями — также ответственные работники ОГПУ Л. Д. Вуль и В. П. Овчинников, каждый из которых впоследствии занимал должность начальника МУРа. Вместе с ними на службу в уголовный розыск пришла большая группа оперативных работников ОГПУ. Было значительно улучшено материальное обеспечение личного состава, что облегчило решение кадровых вопросов и положительно сказалось на совершенствовании всей оперативно-розыскной работы.
