Византийская «священная война» — предтеча уже не столь отдаленных Крестовых походов — негативно сказалась на обстановке в Иерусалиме. Если египетские правители — Тулуниды (868–905 гг.) и Ихшидиды (935–969 гг.) — внесли некоторую умиротворяющую ноту в жизнь города, и уже многие мусульмане готовы были смириться с присутствием христиан как с неизбежностью, то византийские победы вновь всколыхнули антихристианские настроения. Участились нападения на праздничные христианские шествия, акты вандализма против главных христианских святынь — Мартирия и церкви Анастасис. В 969 г. разъяренная толпа заживо сожгла патриарха Иоанна IV за его обращение к византийскому императору с просьбой поторопиться с походом на Иерусалим. Впервые мусульмане нарушили действовавший со времен Омейядов запрет и вторглись в пределы храма Гроба Господня. В его восточной части была устроена мечеть, названная в честь первого арабского халифа, который когда-то запретил мусульманам посягать на христианские святыни. Мечеть Омара и сегодня соседствует с храмом Гроба Господня. За века ее местоположение изменилось, и теперь она находится у западного входа во двор церкви. Это, на первый взгляд, мирное соседство служит вечным напоминанием о так и не изжитом противостоянии двух религий.
Ислам все более укоренялся в Иерусалиме, что как нельзя лучше отвечало религиозно-политическим устремлениям египетских халифов, фактически правивших городом в X–XI вв. Историки-современники рассказывают о том, что многие мусульмане приносили своих детей в Иерусалим для совершения обряда обрезания, нескончаемым потоком стекались в город старые и больные люди, стремившиеся обрести здесь последний приют. На восточном склоне Храмовой горы находилось самое престижное кладбище, где, по преданию, были похоронены члены династических фамилий Тулунидов и Ихшидидов. Остатки этого старинного некрополя сохранились до наших дней под восточной стеной Старого города, вблизи замурованных Золотых ворот. Напротив, на Масличной горе, белеют каменные надгробья самого древнего в мире еврейского кладбища. Те, кто похоронены здесь, одинаково верили в святость Иерусалимской земли и в Страшный суд над родом человеческим, который свершится на ней. Но и в смерти они разделены глубокой пропастью — Кедронской долиной, и есть в этом горький знак непреодолимого противостояния, казалось бы, столь близких по духу религий.
К началу XI в. у мусульман в Иерусалиме сложились собственные паломнические традиции, некоторые из которых основаны на эпизодах из Священного Писания. У священной скалы на Храмовой горе мусульманский паломник совершал ракат — молитвенный ритуал, становясь на колени, простираясь ниц и произнося при этом славословия Аллаху. Затем молитвы произносились в различных точках близ скалы, где в соответствии с традицией молились Авраам, Давид, Соломон, Илия. Паломники могли посмотреть на рога якобы того самого ягненка, которого Авраам принес в жертву на горе Мориа, увидеть корону царей Персии и другие реликвии. Затем они направлялись к восточной стене Храмовой горы и совершали молитвы в том месте у Золотых ворот, где, как считалось, молился и получил отпущение грехов Давид. Здесь им показывали также колонны, которые, по арабским преданиям, привезла царица Савская в подарок царю Соломону.
