В IV–V вв. еретические учения, отличные от ортодоксальной концепции, получили большое распространение. Даже члены императорской семьи нередко симпатизировали противоположным теологическим доктринам. Что уж говорить о пестром ближневосточном обществе: для народов Египта, Палестины и Сирии религиозные вопросы тесно переплетались с политическими, и приверженность еретическому направлению зачастую являлась выражением протеста против господства Константинополя. К середине V в. особую популярность в восточных провинциях империи приобрело монофизитство, утверждавшее единую Божественную природу Христа (mone physis). Монофизиты имперских окраин провозгласили свою независимость от Константинополя и начали создавать собственные церкви и монастыри. В сегодняшнем Иерусалиме эфиопская, армянская и сирийская церкви являются прямыми наследницами того раннехристианского раскола.
В Иерусалиме монофизиты получили поддержку со стороны архиепископа Ювеналия. Но на IV Вселенском (Халкидонском) Соборе в 451 г. Ювеналий присоединился к ортодоксам, за что получил в награду то, чего добивались все иерусалимские предстоятели со времен Макария. Иерусалимская кафедра приобрела статус патриаршей и теперь по своему положению в церковно-административной иерархии приравнивалась к Александрии и Антиохии. В подчинении иерусалимского патриарха оказывались 70 епархий, включая Кесарию и Петру. Иерусалим вновь становился столичным городом, как и четыре века назад.
Однако одержав эту административную победу, Ювеналий потерпел поражение как духовный лидер палестинских христиан, в массе своей сторонников монофизитства. Вернувшись в Иерусалим, он едва избежал расправы разъяренной толпы и вынужден был скрываться в Иудейской пустыне.
В эпоху утверждения христианства в конце IV–V вв. внешний облик Иерусалима формировался исключительно в соответствии с духовными запросами и политическими нуждами победившего вероучения. Пожертвования на святые места в Иерусалиме и личное участие в строительстве церквей и монастырей стало своеобразной модой среди знатных и богатых фамилий христианского мира. Но самый выдающийся вклад в иерусалимскую копилку был сделан императрицей Евдокией, женой Феодосия II, занимавшего императорский трон в Константинополе более 40 лет (408–450 гг.).
Молодой император-романтик выбрал себе в жены красавицу Афинаиду, происходившую из семьи известного афинского философа и получившую неплохое классическое образование. При крещении она получила имя Евдокия. Нравы византийского двора не располагали к безмятежному наслаждению супружеской жизнью. Амбициозная, независимо мыслящая императрица Евдокия была втянута в придворные интриги и религиозные распри и в конце концов была вынуждена покинуть Константинополь и отправиться в добровольно-принудительное изгнание в Иерусалим. Провидение уготовило ей роль одной из немногих женщин в истории Иерусалима, чье имя вполне можно поставить в один ряд с величайшими строителями Святого города — царем Соломоном, Неемией, Иродом Великим.
