Для религиозного обоснования своих действий «Аль-Каида» выпустила три так называемые «фатвы», то есть религиозные предписания, призывающие правоверных мусульман к уничтожению США, как основного препятствия на пути к процветанию и благоденствию мусульманского мира. Одну из них бен Ладен опубликовал в 1998 году. В ней он призывал убивать всех американцев и их союзников — и военных, и гражданских, где только возможно, чтобы освободить святые места в Саудовской Аравии и Иерусалиме. В 1999 году появилась следующая фатва, в которой говорилось о необходимости уничтожать каждого американца, платящего налоги, поскольку таким образом он помогает американской военной машине бороться с мусульманами. Хотя деятельность «Аль-Каиды» фактически противоречит нормам ислама, лидеры организации часто апеллируют к работам двух исламских богословов суннитского направления — Муххамеда ибн Абда аль-Ваххаба и Саида Китба.
Сам Бен Ладен верит, что мусульмане могут жить как настоящие последователи ислама только в Халифате. Именно поэтому он пытался расшатать и уничтожить многие светские режимы на Ближнем Востоке и создать на их месте исламские государства. Его последователи в основном сунниты, массовой поддержки шиитов у него нет.
Штаб-квартира
Штаб-квартира «Аль-Каиды» с момента своего создания и до 1991 года находилась в Афганистане и в Пакистане в городе Пешавар. С 1991 и до 1996 года штаб-квартира размещалась в столице Судана, Хартуме.
Два фактора способствовали тому, что Усама решил переместить всю инфраструктуру «Аль-Каиды» в Судан. Во-первых, влияние Усамы в Пакистане пошатнулось после того, как он не смог спровоцировать вотум недоверия правительству премьер-министра Беназир Бхутто, а затем не сумел ликвидировать ее, хотя и спровоцировал две попытки покушения. Во-вторых, члены «Аль-Каиды» начали уставать от безделья, поскольку на афганском фронте после ухода советских войск ничего не происходило. Они хотели переехать в Судан, надеясь "вернуться к нормальной работе там".
Затем главный офис организации вернулся в Афганистан. Согласно имеющейся информации, законспирированные ячейки организации присутствуют во многих странах мира. Цифры в авторитетных мировых изданиях колеблются от 35 до 88 стран. Однако, большинство экспертов считает наиболее вероятным наличие связей «Аль-Каиды» со следующими странами: Албания, Алжир, Афганистан, Азербайджан, Австралия, Австрия, Бахрейн, Бангладеш, Бельгия, Босния, Египет, Эритрея, Франция, Германия, Индия, Иран, Ирландия, Италия, Иордания, Кения, Косово, Ливан, Ливия, Малайзия, Мавритания, Нидерланды, Пакистан, Филиппины, Катар, Россия, Саудовская Аравия, Сомали, Южно-Африканская Республика, Судан, Швейцария, Таджикистан, Танзания, Тунис, Турция, Уганда, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, США, Узбекистан, Йемен (всего-45 стран). Примерно в десяти из этих стран сторонники бен Ладена пользуются очень сильным, практически неограниченным влиянием на правящие круги.
