Конечно, современная наука далеко шагнула вперед в объяснении происхождения религии, в раскрытии ее социальных и гносеологических корней, в установлении наиболее примитивных форм религиозного сознания, в определении их особенностей и т. п. Но это обстоятельство не может умалить роль Фонтенеля в защите прогрессивных для его века взглядов на религию и на причины ее возникновения. Многие из этих идей, в первую очередь объяснение происхождения религии земными условиями существования людей, антропоморфная концепция возникновения богов, сохраняют и ныне свою ценность. Отметим и другое обстоятельство. Перед вдумчивым читателем Фонтенеля не мог не возникнуть вопрос: если людская фантазия лепила образы богов, то составляет ли исключение библейский бог и его сын, ниспосланный на землю, чтобы искупить первородный грех людей? И действительно, пройдет ряд десятилетий, и наука поставит вопрос о мифичности Христа.
С особой остротой, можно сказать, с беспощадностью Фонтенель разоблачил роль религии и духовенства в обмане людей в названной уже нами работе «История оракулов». Книга раскрывает удивительную картину, с одной стороны, легковерия людей, их поразительной наивности и доверчивости, а с другой — картину ухищренного, бесстыдного обмана простаков. Проделки жрецов, жриц, оракулов, так называемых демонов и т. п. в эпоху кризиса Римской империи все время напоминают о сходных делах христианского духовенства времен Фонтенеля. Не вызывает сомнения, что Фонтенеля интересовали не только и, быть может, не столько жрецы и жрицы Древней Греции и Рима, сколько Христово воинство, призванное если не вещанием и гаданием, то иными приемами и средствами манипулировать сознанием огромной массы верующих, держать их в темноте и в покорности.
Рискуя выдать истинные свои цели, Фонтенель временами весьма неосторожно пишет о влиянии языческих религиозных и философских идей на формирование христианской религии, на проникновение даже мошеннической практики оракулов в среду первых христиан. Вопреки официальным христианским установкам Фонтенель пытается говорить о земных истоках «боговдохновенной» христианской религии, о языческих философах, которые содействовали ее формированию.
Особое место в атеистическом наследии Фонтенеля занимают его знаменитые «Рассуждения о множественности миров». В этой работе Фонтенель, опираясь на великие достижения астрономии, на научное наследие Галилея и Коперника, на философско-атеистические идеи Джордано Бруно, пытается с максимальной возможностью использовать крах геоцентрической системы для подрыва авторитета религии, для дискредитации религиозной картины мира.
