Кроме того, для защиты наиболее важных плотин (Рыбинская, Рублевская, Акуловская, Истринская) были установлены противоторпедные сети.
Особое внимание Государственный Комитет уделял противовоздушной обороне трассы через Ладожское озеро, которую прикрывали Ладожский и Свирский бригадные районы ПВО (с лета 1942 г. Ладожский дивизионный район ПВО).
На юге страны для обороны портов Поти и Батуми были образованы бригадные районы ПВО.
С первых дней войны железнодорожный транспорт стал объектом ожесточенных налетов немецких ВВС. Только за первое полугодие войны самолеты противника совершили около 6000 налетов на прифронтовые коммуникации, сбросив на железнодорожные объекты свыше 46 тыс. различных авиабомб. Задача их прикрытия приобрела стратегическое значение.
В первом периоде войны для прикрытия железнодорожных коммуникаций были привлечены войска пяти западных зон ПВО. Они обеспечили эвакуацию промышленности в восточные районы, уничтожив с 22 июня по 3 июля 150 вражеских самолетов. В дальнейшем прикрытие железнодорожных объектов организовывалось на основе постановлений ГКО и Ставки ВГК на глубину 300—500 км от линии фронта. Благодаря успешному действию войск ПВО только за 40 первых дней войны было перевезено 2,5 млн человек с техникой, вооружением и боеприпасами. По неполным данным, с конца июня по 20 ноября 1941 г. было перебазировано с Украины, из Белоруссии и из Прибалтики в тыл страны более 900 тысяч вагонов с оборудованием промышленных предприятий.
С целью усиления ПВО коммуникаций Постановлением ГКО № 619сс8 от 2 сентября 1941г. «О мерах по противовоздушной обороне железнодорожных узлов, мостов и транспортов» были приняты конкретные меры. С этого времени на прикрытие путей сообщения использовалось от 10 до 34% истребительной авиации, от 25 до 55% зенитных орудий МК и до 60% зенитных пулеметов.
Во втором периоде войны приемы ВВС противника изменились: от ударов мелкими группами авиация немцев перешла к массированным действиям.
Советское командование противопоставило этому массирование зенитных средств и истребительной авиации, усиление противовоздушной обороны объектов и железнодорожных коммуникаций.
В Сталинградской битве коммуникации Юго-Западного, Донского и Сталинградского фронтов прикрывал Сталинградский корпусной район ПВО войска которого уничтожили почти 700 самолетов — около четверти всех сбитых в сталинградском небе.
Воздушные сражения на Кубани по своим масштабам вышли за рамки операций Северо-Кавказского фронта. Немалый вклад в создание реальных предпосылок для завоевания господства в воздухе внесли Ростовский район ПВО и 105-я истребительная дивизия ПВО.
