С началом операции «Тайфун», наступлением группы армий «Центр» на Москву, Сталин и другие члены ГКО вплотную занялись обороной Москвы. ГКО работал непрерывно, принимая судьбоносные решения для Москвы и страны в целом (Постановления № 801сс «Об эвакуации столицы» и № 813сс «О введении осадного положения в г. Москве и прилегающих к городу районах»), о чем уже говорилось раньше.
В дни, когда эвакуировались Совнарком, аппарат ЦК ВКП(б) и Генштаб, вся тяжесть управления государством и вооруженными силами легли на Сталина, Молотова, Маленкова и Берию, небольшую группу Генштаба во главе с Василевским, некоторых наркомов, возвратившихся из Куйбышева, а также командующих видами вооруженных сил и родами войск.
Во время второго этапа операции «Тайфун» председатель ГКО выступил с докладом на торжественном собрании города, которое было посвящено 24-й годовщине Великой Октябрьской социалистической революции. Доклад Сталина транслировался по радио. На другой день, 7 ноября, Сталин как Верховный Главнокомандующий в 8.00 час. принимал парад войск Московского гарнизона, с которого участвующие в торжественном марше направлялись на фронт.
Оба эти мероприятия были актами высокого нравственного значения, которые укрепили боевой дух защитников столицы и всех Вооруженных Сил Советского Союза и веру в победу, которая была так нужна, особенно после крупных неудач Западного и Брянского фронтов в районах Вязьмы и Брянска. Но окруженная группировка под Вязьмой оказывала упорное сопротивление, сковав около 28 дивизий противника до 13 октября, а войска Брянского фронта оборонялись до 23 октября, после чего, прорвав кольцо окружения, вышли на линию Белев — Мценск — Поныри — Фатеж — Льгов, сорвав планы фашистского командования.
Г. К. Жукову, вступившему в командование объединенным Западным фронтом, приходилось управлять войсками в нелегкой обстановке, когда войска Западного и Брянского фронтов, потерпев крупное поражение в районе Вязьмы и Брянска, частично потеряли управление. Группа ГКО во главе с Молотовым работала в штабе Западного фронта, а Мехлис — в штабе Резервного фронта, но они практически не оказывали помощи в управлении, а отыскивали виновников, с которых можно было спросить по всей строгости военного времени. От Сталина и от других членов ГКО и Ставки сыпались угрозы, противоречивые распоряжения. Молотов даже предупредил Жукова, что, если он не остановит наступление немцев, будет расстрелян. На что Георгий Константинович со всей своей прямотой ответил ему по телефону: «Если он способен разобраться быстрее меня в положении, пусть приезжает и вступает в командование фронтом. Он бросил трубку, а я стал заниматься своими делами»
