Начало второго периода войны для судпрома характеризовалось в основном ремонтом кораблей, дооборудованием радиолокационной радиоаппаратурой, оснащением кораблей зенитными радиолокационными установками, а также установками «Спрут» и так далее.
В сентябре 1942 г., согласно Постановлению № 2312сс32 «О мероприятиях по подготовке к переводу 17 подводных лодок с Черноморского флота в состав Северного флота» был совершен маневр в Северодвинск.
Все 17 лодок типа «М» должны были перебазироваться из Поти до Северодвинска комбинированным путем:
— от Поти до Баку ж/д транспортом на транспортерах;
— от Баку до Красноводска водным путем с буксиром;
— из Красноводска до Северодвинска по железной дороге на транспортерах. В то время это был беспримерный случай, история не знала подобного ни по массовости и ни по расстоянию.
Согласно постановлению № 1911сс от 17.06.42 г. из бассейна Каспийского моря по реке Волге были переведены 3 подводные лодки типа «М».
А в 1943 г., согласно Постановлению № 3232сс33 от 22.04.43 г. «О переводе из Каспийской флотилии в состав СФ были перебазированы 4 подводные лодки типа «C» и 2 подводные лодки типа «М-15». Маршрут из Баку до Архангельска проходил по Волге и Северодвинской водной системе; из Баку до Горького — своим ходом, а из Горького до Архангельска — на плавучих доках под буксирами.
По предложению наркома ВМФ адмирала Н. Г. Кузнецова, согласно Постановлению № 2238сс34 от 04.09.42 г. «Об усилении Северного флота 6 ПЛ за счет передачи из Тихоокеанского флота…», был осуществлен переход через Алеутские острова, Сиэтл, Сан-Диего, Колон, Чарльстон, Галифакс, Исландию, Медвежий, Мурманск. Маневр по продолжительности маршрута и сложности был уникален (протяженность маршрута составляла 17 000 миль). В районе Сан-Франциско подлодка Л-16 была атакована неизвестной подводной лодкой и потоплена.
Подлодка С-56, участвующая в переходе, до сих пор стоит во Владивостоке как памятник мужеству моряков.
Заметим, что постановлений ГКО по ВМФ было не так много, так как большая часть решений осуществлялась по схеме НК ВМФ — Ставка ВГК или через Председателя Совнаркома.
И тем не менее в ходе войны разрабатывались планы строительства новых кораблей (Постановление № 7415сс35 от 29.01.45 г. «Об утверждении плана заказов ВМФ на 1 квартал 1945 г.», Постановления № 8447сс36 «О плане строительства кораблей на 2-й квартал 1945 г.» и «Планы судоподъема кораблей и их ремонта», Постановления № 8445сс от 06.05.45 г. и № 9551сс от 23.07.45 г.).
