После Сталинградской битвы корабли флотилии (две бригады траления) провели большую работу по разминированию русла реки Волги, а часть кораблей пошла на укомплектование Днепровской и усиление Азовской флотилий.
Дунайская флотилия была сформирована в июне 1940 года (приказ НКВ МФ № 00172 от 08.06.40 г.) во время освобождения Бессарабии и Южной Буковины. К началу войны в ее состав входили: дивизион мониторов (5 единиц), дивизион бронекатеров (22 единицы), отряд катеров-тральщиков (7 единиц), дивизия сторожевых катеров, авиаэскадрилья, 6 батарей береговой обороны, отдельный зенитный артиллерийский дивизион.
Моряки флотилии вели боевые действия на реках Дунай, Южный Буг, Днепр, у Керченского пролива. 20 ноября 1941 года после отхода войск из Крыма она была расформирована.
Второе формирование флотилии произошло в апреле 1944 г. (приказ НК ВМФ № 0088 от 13.04.44 г.). После чего она приняла участие в Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской, Венской операциях. Высадила 20 тактических десантов.
Для усиления обороны на северо-востоке Ленинграда и содействия войскам Карельского фронта на основе Карельской ВМБ 7 августа 1941 г. была сформирована Онежская военная флотилия, которая подчинялась командующему морской обороной Ленинграда и Озерного района. Задача: поддержка фланга частей Красной Армии, обеспечение перевозок войск и боеприпасов и эвакуация раненых. 28 ноября 1941 г. была расформирована.
В апреле 1942 г. (приказ зам. НК ВМФ от 7.08.41 г.) на Онежском озере был сформирован отдельный Онежский отряд кораблей, преобразованный в декабре 1942 г. в Онежскую военную флотилию (приказ НК ВМФ № 00132 от 31.12.42 г., 2-е формирование).
Для защиты коммуникаций в Белом море, восточной части Баренцева моря и в Арктике в августе 1941 г. (приказ НК ВМФ № 00137 от 02.08.41 г.) была сформирована Беломорская военная флотилия. Она обороняла также проливы: Карские ворота, Югорский шар, порты и полярные станции вплоть до острова Диксон.
В составе флотилии был Северный отряд, в который входили авиационная группа и отряд ледоколов. За время войны флотилия обеспечила проводку 2500 транспортов.
Для оказания помощи Ленинграду в эвакуации и в перевозке грузов в осажденный город, а также содействия войскам 23, 7-й и 54-й армий, высадки тактических десантов и эвакуации войск с северо-западного побережья была сформирована Ладожская флотилия. За время блокады Ленинграда корабли флотилии доставили в город свыше 311 тыс. человек (главным образом войск) и свыше 1 млн тонн грузов, вывезли из Ленинграда 1071 тыс. человек гражданского населения.
