Титульный лист книги Франциско Пельсаерта, опубликованной в Амстердаме в 1648 году
О трагедии, постигшей более 100 человек, он узнал после своего возвращения.
На острове вспыхнул мятеж. Его возглавил один из официальных представителей компании Ерониус Корнелиус. Он провозгласил себя королем и с группой единомышленников жестоко расправился с недовольными. К приходу Пельсаерта королю-самозванцу сопротивлялся лишь небольшой отряд солдат под командованием Виеста Хейса. Помощь подоспела своевременно: Корнелиус и часть мятежников были схвачены и казнены. Группа преступников бежала с острова на шлюпке и пропала без вести.
Место гибели «Батавии» было установлено в 1963 году. А спустя 10 лет ученые приступили к ее обследованию и комплексным раскопкам.
На острове Бикон, лежащем вблизи района кораблекрушения, был разбит базовый лагерь: возведены жилые и складские помещения, выстроен большой пирс. Он предназначался для швартовки экспедиционного судна «Генриетта», специально сконструированного для подводных работ. Последовательность и методика раскопок были тщательно продуманы, но их приходилось постоянно менять из-за различных «всплывающих» трудностей.
Археологу, работающему под водой, приходится решать немало проблем. И самая трудная из них заключается в невозможности предвидеть, какие условия сложатся на месте работы даже в ближайшее время. Если, например, поднимется волнение, то находка, оставленная в раскопе незакрепленной, может быть значительно смещена (что приведет к потере научной информации) или вообще безвозвратно утрачена. Поэтому при работах на «Батавии» приходилось расчищать «до нуля» лишь небольшой участок и только после его изучения переходить к другому. На каждом участке послойно снимались наносы песка и ила, затем регистрировались найденные предметы и части конструкции корабля. После этого делали серию фотоснимков обнаруженного объекта с помощью квадратной решетчатой рамы, позволяющей фотографировать строго сверху вниз. Тем самым достигалась плановость изображения без «смазанности» размеров из-за угла наклона камеры. Так, участок за участком, археологам удалось получить фотомонтажи всех слоев раскопа, которые впоследствии стали основой для реконструкции.
К концу раскопок ученые имели в своем распоряжении фотомонтажи остова «Батавии», снимки каждой детали судна, выполненные в натуральную величину, кальки всех найденных элементов конструкции. Уменьшенные в 10 раз, они послужили ключевым материалом для первой рабочей модели корабля, выполненной специалистами Института морской археологии Техасского университета.
