В течение войны в лагерь попадали «политические преступники» и особо важные пленные. Например, одно время узником лагеря являлся генерал-лейтенант Дмитрий Карбышев, в 1943 году во Флоссенбурге были казнены генерал-майор авиации Григорий Тхор и упоминавшийся генерал-майор Иван Шепетов. А во время пребывания Ющенко в лагере там содержались и были казнены такие важные узники, как бывший шеф Абвера адмирал Канарис и руководитель Словацкого национального восстания генерал Голиан.
В автобиографии (1945) Ющенко, не указывая каких-либо подробностей о своём пребывании во Флоссенбурге, сообщает что 23 апреля 1945 года был освобождён американскими войсками.
Автобиография (1946) содержит другую версию. В соответствии с ней Ющенко, во Флоссенбурге дожидается приговора — «дождавшись суда (повiшення) я знов тiкаю и потрапляю в зону Америки». И далее сообщает, что в январе (!) 1945 года он «идёт на свою сторону». Эта версия не выдерживает никакой критики. Во-первых, вряд ли немцы, приговорив Ющенко к смерти, стали бы откладывать исполнение приговора. Например, того же Канариса немцы повесили во Флоссенбурге через несколько часов после вынесения приговора. А во-вторых, в январе 1945 года Ющенко никак не мог из «зоны Америки» попасть на «свою сторону», так как советские и американские войска встретились лишь 25 апреля 1945 года.
В феврале 2007 года во время визита президента Ющенко в Германию специалисты мемориала во Флоссенбурге подготовили на основании имеющихся у них документов справку для журналистов о пребывании Андрея Ющенко в лагере. В ней, в частности, сообщается, что «последние военные месяцы Ющенко находится во Флоссенбурге. Ему удаётся избежать смертельно опасной разработки гранита в каменолоне. Как квалифицированный механик он работает на сборке самолётов „Мессершмитт“» 55. Эта информация также никак не согласуется со словами Ющенко о смертном приговоре, на который он якобы был осуждён.
В качестве объяснения противоречий в автобиографиях Ющенко можно предположить, что он во Флоссенбурге продолжает сотрудничество с немцами в качестве внедрённого агента-провокатора, либо «лагерного полицая». И именно по-этому Ющенко в автобиографии (1946) «сокращает» своё пятимесячное пребывание во Флоссенбурге до одного месяца. Он как бы создаёт «алиби», стремясь уверить, что к событиям, происходившим в лагере с января 1945 года, он якобы не имел никакого отношения.
