В январе 1864 г. Федор Козьмич очень сильно заболел и стал заметно слабеть. За день до кончины он сам почувствовал ее, заметив Хромову: «Видно близок конец». 20 января в продолжение всего дня Хромов и другие посещали старца. Видно было, что он боролся со смертью. Когда все посторонние вышли, старец, указывая на висевший на стене маленький мешочек, сказал Хромову: «В нем моя тайна». 20 января 1864 г. старец скончался, унося тайну своего происхождения в могилу, и «никому на спрос не сказал, кто он был».
После смерти старца в его келье осталось несколько вещей: пострадавшая от времени икона «Почаевской Божьей Матери в чудесах» с инициалом «А», еле заметным, но которому придавалось особое значение, суконный черный кафтан, деревянный посох, чулки из овечьей шерсти, кожаные туфли, две пары рукавиц из черной замши и черный шерстяной пояс с железной пряжкой. Все остальное в келье — новейшего происхождения, в том числе много икон, пожертвованных почитателями и два портрета Александра I; один изображает его в коронационном облачении, другой — копия с известной работы Доу. Лет 10 с лишком тому назад некоторые из вещей Федора Козьмича были похищены. В виду незначительной ценности вещей самих по себе, почитатели Козьмича убеждены, что похищением руководила влиятельная рука, и что похищенные предметы якобы проданы по весьма высокой цене за границу. В настоящее время из вещей старца сохранились деревянный посох и складной аналой. Для исследователя некоторую ценность могут представлять только рукописные остатки старца, но о них будет речь ниже.
Среди рассказов о старце особое место занимает его тесная дружба с молодой девушкой Александрой Никифоровной, которая сделалась его первою любимицею. Целые дни проводила она у него, исполняя его поручения, сопровождала его во время прогулок, чинила его платье, а впоследствии, когда старец несколько лет жил в Зерцалах, навещала его и там почти ежедневно, ночуя около его кельи, и вообще всевозможными способами оказывала ему свое расположение. Рассказы о жизни в России, о святых местах, монастырях, великих подвижниках и богатствах лавр сильно заинтересовали молодую девушку. Федор Козьмич, по ее словам, знал решительно все монастыри и лавры и рассказывал о них с такими подробностями и так увлекательно, что воодушевляемая рассказами старца, девушка однажды категорически заявила о своем непременном желании отправиться в Россию на богомолье. Ей в это время было более 20 лет от роду. Федор Козьмич составил ей подробный план путешествия, указал на лиц, гостеприимно принимающих странников, надавал всевозможных советов и в 1849 году благословил свою любимицу на дальнее богомолье. Собираясь в дорогу, она интересовалась, «как бы ей увидеть в России царя». — «А разве тебе хочется видеть царя?» — «Как же, батюшка, не хочется, все говорят: царь, царь, а какой он из себя и не знаешь». — «Погоди», заметил ей на это старец, «может быть, и не одного царя на своем веку увидеть придется. Бог даст, и разговаривать еще с ним будешь, и увидишь тогда, какие цари бывают».
