В июне 1918 года Северный Кавказ был единственной значимой хлеборобной областью, оставшейся в руках большевиков. Ей угрожала армия генерала Краснова. Сталин был послан в Царицын, будущий Сталинград, чтобы организовать транспортировку зерна. Он застал там полный хаос. 10 июля он писал Ленину, прося вооруженной поддержки для региона: «Я буду сам, без формальностей, свергать тех командармов и комиссаров, которые губят дело». Сталин был назначен председателем Военного совета Южного фронта. Позже Сталин противостоял бывшему царскому генералу артиллерии Сытину, назначенному Троцким командующим Южным фронтом, и главнокомандующему армии бывшему царскому полковнику Вацетису. Атаки на Царицын были успешно отбиты. Ленин расценил действия, предпринятые Сталиным, как образцовые.
В октябре 1918 года Сталин получил назначение в Военный совет Украинского фронта; его задачей было свергнуть режим гетмана Скоропадского, установленный Германией. В декабре, когда благодаря успехам реакционных отрядов Колчака ситуация на Урале стала критической, Сталин был послан с чрезвычайными полномочиями, чтобы положить конец катастрофе 3-й армии и вычистить некомпетентных комиссаров. По итогам своего расследования Сталин критиковал политику Троцкого и Вацетиса. На VIII съезде партии, в марте 1919 года, многие делегаты критиковали Троцкого «за его диктаторские замашки... за его восхищение специалистами, за его поток необдуманных телеграмм».
В мае 1919 года Сталин снова был отправлен с чрезвычайными полномочиями для организации обороны Петрограда от армии Юденича. 4 июня Сталин послал Ленину телеграмму, в которой, основываясь на захваченных документах, заявлял, что многие командиры Красной Армии тайно работают на «белых».
На Восточном фронте сильный конфликт разгорелся между его командующим С.С. Каменевым (не путать с Л.Б. Каменевым) и главнокомандующим Вацетисом. Центральный комитет принял окончательное решение в пользу последнего, и Троцкий подал заявление об отставке, которое не было принято. Вацетис был арестован и ждал приговора.
В августе 1919 года Белая армия Деникина двигалась к Москве с Дона, с Украины и с Юга России. С октября 1919-го и по март 1920 года Сталин руководил Южным фронтом и разгромил Деникина.
В мае 1920 года Сталин был направлен на Юго-Западный фронт, где Польская армия угрожала городу Львову на Украине, а отряды барона Врангеля — Крыму. Поляки оккупировали большую часть Украины, включая Киев. На Западном фронте Тухачевский провел контратаку, прогнав агрессора до Варшавы. Ленин надеялся победить в войне с реакционной Польшей. Было даже сформировано временное Польское Советское правительство. Сталин предостерегал против таких действий: «
