Другая категория христиан, не отступивших от веры, состояла из людей, которых просто не поймали римские власти, и к этой-то категории принадлежал сам епископ Киприан. Исповедники настаивали на своем исключительном праве судить всех отступников и принимать их в Церковь. Киприан же считал, что только епископ как глава Церкви может нести ответственность за примирение отступников. В ответ партия исповедников хором осуждала самого Киприана, обвиняя его в трусости и недостойном поведении. На местном карфагенском соборе (251 г.) было решено, что отступники могут быть допущены к покаянию и, хотя бы на смертном одре, снова приняты в лоно Церкви, но только епископским судом. Недовольная этим решением целая группа пресвитеров-исповедников во главе с Новатом откололась от Церкви. Этим проблемам ― отступничества и раскола ― посвящены два основных сочинения св. Киприана ― «О падших» и «О единстве кафолической Церкви».
В 255 году Киприан принимает участие еще в одном споре, касательно крещения еретиков. Как и Тертуллиан, Киприан считал, что крещение еретиков нельзя считать действительным, потому что крещение невозможно вне Церкви и, по существу, есть вступление в Церковь. Этот взгляд на вещи был официально провозглашен на трех карфагенских соборах (255-256 гг.), вызвав резкое неодобрение со стороны римского папы Стефана. Однако всем спорам вскоре пришел конец, так как в 258 году император Валериан провозгласил новый эдикт против христиан. В ходе разразившихся гонений и Киприан, и папа Стефан погибли мученической смертью.
Творения св. Киприана можно в основном разделить на апологетические и этические. Особняком стоят уже упоминавшиеся книги «О падших» и «О единстве кафолической Церкви». Апологетические сочинения Киприана написаны в традиции апологий Тертуллиана и отличаются таким же строгим максимализмом. До нас дошли три длинных письма, по сути дела написанных в форме трактатов. В письме «К Донату» описывается обращение Киприана в христианство и обсуждается природа крещения, как вступление в новую жизнь, наполненную покоем и счастием христианской веры. Письмо «К Димитриану» представляет опровержение язычника Димитриана, утверждавшего, что христиане повинны в войне, море, голоде и засухе. Эти напасти объяснялись нежеланием христиан совершить жертвоприношение идолам. Письмо «К Квирину» очень важно для историков, изучающих латинский текст Библии, ибо оно содержит множество ветхозаветных цитат в раннем латинском переводе, организованных под различными заголовками.
