Исповедалищем собора святого Петра называется гробница, в которой находятся мощи святого апостола, одновременно оно является и жертвенником, стоящим посреди гробницы. Святой Анаклит, второй преемник святого Петра, повелел поставить подземную комнату, в которую и были положены святые мощи. В ней же первые христиане собирались для отправления своих благочестивых молитв и церемоний.
Около 330 года здесь соорудили богатейшую гробницу, которую тоже поставили в подземный придел. Поверх него соорудили еще один придел, который и стал называться исповедалищем. В него приходили верующие христиане, здесь можно было через отверстие, сделанное под жертвенником, спускать покровы и другие вещи, которыми они хотели прикоснуться к гробу святого Петра.
В исповедалище святого Петра ведет мраморная лестница, бесчисленные лампады собора освещают спуск в подземелье. Спуск этот окружен мраморной решеткой, но она всегда закрыта: богомолец может только преклонить колени перед ней. В просветах решетки взору его представляется бронзовая дверь подземного святилища, а перед нею великолепная статуя коленопреклоненного папы Пия VI. Сами святые мощи апостола Петра скрыты от взоров.
Кроме мощей первоверховного апостола, в соборе святого Петра есть и другие святыни. В одном из приделов верхней церкви покоятся мощи святого Иоанна Златоуста, в другом приделе — мощи Григория Богослова, которые перенесли в Рим из Византии во время крестовых походов. Здесь же покоятся и мощи папы Григория Великого, хотя в Риме есть и церковь его имени. С обеих сторон главной ветви креста в соборе расположены богатые приделы, украшенные мрамором, мозаикой и бронзой. Между ними помещаются гробницы пап.
В соборе святого Петра находится и гробница шведской королевы Христины. На ней в полуобразном изречении представлено ее отречение от лютеранского исповедания, принятое ею в 1635 году в Инсбруке.
Гробница графини Матильды, отдавшей все свое состояние церкви, была сооружена при папе Урбане VIII, который повелел перенести ее прах из церкви святого Венедикта (близ Мантуи). Скульптор Бернини сам выполнил голову графини, отчего вся работа выглядит прекрасной в своей простоте: графиня Матильда представлена в нише держащею ключи и с тиарой в руках — знак того, что эта женщина была опорой церкви. Саркофаг ее увенчан щитом, окруженным лаврами, а лавры высечены с всевозможным изяществом и нежностью. По сторонам саркофага стоят два ангела.
