Ко времени рождения Музея можно отнести и создание Пинакотеки. Собранные в разных папских дворцах картины были помещены в одном из отделений коридора.
После создания музея Пио-Клементино под руководством Джованни Батиста Висконти впервые была проведена научная систематизация произведений искусства, хранящихся в Ватикане. Впоследствии Висконти опубликовал монументальный каталог Музея, состоящий из семи томов.
Но в 1797 году договор между папой Пием VI и французами лишил Музей огромного числа бесценных произведений, которые были вывезены из Ватикана во Францию. И следующий папа, Пий VII, желая возместить потери Музея, в первые же годы своего понтификатства стал собирать произведения античного искусства. Собрание быстро пополнялось, а потом под руководством и по проекту архитектора Штерна было построено новое здание, которое получило название «Браччо Нуово».
В просторном светлом зале, отделанном мрамором, вдоль стен расставлены статуи. Среди них особо выделяется статуя Августа из Приама Порта — прекрасная римская копия статуи Демосфена с бронзового оригинала Полиевкта. Внимание посетителей привлекает и статуя Нила — римская копия с оригинала александрийской школы, а также мраморная копия «Силен и Дионис» с оригинала Лисиппа.
Художественные ценности, вывезенные во Францию, были возвращены в Италию только в 1816 году по решению Венского конгресса. Среди возвращенных произведений было 73 картины, которые собраны в апартаментах Борджиа.
Из них особой славой пользуются две картины Рафаэля — «Мадонна Фолиньо» (написана в период расцвета его творчества) и «Преображение» (написана почти на смертном одре).
В Зале Рафаэля находятся десять гобеленов, исполненных по его картинам, — наиболее прославленные сокровища из всей ватиканской коллекции гобеленов. Они были заказаны папой Львом Х в 1516 году для украшения Сикстинской капеллы и выполнены в Брюсселе.
В 1837 году, в понтификат папы Григория XVI, был открыт Этрусский музей. Основой для его создания стали находки при археологических раскопках в Черветери (1828–1836).
Этруски принадлежат к числу самых загадочных народов древнего мира, до сих пор вопрос об их происхождении остается среди ученых спорным. Античные писатели говорили о них как об отважных мореходах, грозных пиратах, ловких торговцах и прекрасных ремесленниках. Период наивысшего расцвета культуры этрусков относится к VIII–V векам до н. э.
Храмы в Этрурии строились из дерева, и потому ни одного монументального памятника этрусской архитектуры не сохранилось. Храмы украшались рельефами и скульптурами, выполненными из обожженной и раскрашенной глины — материала очень непрочного. Целые рельефы и скульптуры, к сожалению, тоже не сохранились, от них остались только фрагменты.
