Преподобный умер в 1653 году в возрасте семидесяти лет. В завещании нет даже упоминания об Исааке. «Все земли и ценности, движимые и недвижимые завещаю моему единственному сыну Бенджамену, когда ему исполнится двадцать один год или когда он женится, смотря по тому, что наступит раньше». Имение и земли перешли жене Анне согласно брачному контракту, и она тут же перевела их Исааку. С учётом земель и собственности, прикупленной для него матерью во время брака, он становился теперь вполне обеспеченным молодым человеком.
После смерти преподобного Исаак впервые вступил на порог дома в Северном Уитэме. Здесь его прежде всего поразили не четыре серебряных сосуда — гордость дома, а книги. Множество книг! Переплёты дорогой кожи, любовно отделанные славными и уважаемыми мастерами. Тиснение, иногда с золотом. Гладкие пергаментные или шершавые бумажные желтоватые листы, на которых выдавлены строгие буквы. Труды отцов церкви, церковные трактаты, церковная теория. Эти книги хранились в доме Барнабы Смита десятилетиями, перейдя от его отца, тоже священнослужителя. Преподобный сам этих книг не читал и, как утверждали некоторые, вообще не обладал репутацией слишком учёного человека. Но среди книг обнаружена была Исааком и толстая, переплетённая в кожу тетрадь, в которую Барнаба Смит вписывал ходовые изречения, наиболее часто используемые в проповедях.
В тетради напыщенные цитаты из Блаженного Августина, Иеронима, Евсебия, Бернара и Грегори, изложенные в алфавитном порядке, соседствовали с выписками из Плиния. Споры о свободе воли чередовались с размышлениями о духовной и плотской любви. Он оказался совсем не таким уж глупым, необразованным и отнюдь не бесчувственным человеком, и его записи, по крайней мере понимаемые буквально, не свидетельствуют о его предположительной жестокости к пасынку.
Впоследствии, когда эта тетрадь перешла вместе с книгами в наследство Ньютону, он не выбросил её, а, наоборот, очень полюбил, назвал «тетрадью для мусора» и записал в ней первые строки, имеющие касательство к зарождению дифференциального и интегрального исчисления и началу его занятий механикой.
После смерти преподобного мать Анна вернулась домой. Вернулась не одна, а с тремя прижитыми в браке детьми — со сводным братом Бенджаменом двух лет от роду и двумя сестрицами — Мэри четырёх с половиной лет и годовалой Анной. Это был для Исаака период безбрежного счастья — он не отходил от матери, хотя она разрывалась теперь между четырьмя детьми, трое из которых требовали ежеминутного внимания (в латинской тетради Исаака ревнивая запись: «Я должен ублажать своего братца»), и успевала заниматься домом и хозяйством.
