Тогда владыки новгородский, рязанский и суздальский заключили с высокопоставленными опричниками-аристократами союз против Филипна (35). К делу подключились бояре Алексей и Федор Басмановы. Заговорщики сменили так гику. Для поисков компромата в Соловецкий монастырь направилась комиссия под руководством Пафнутия и опричника князя Темкин-Ростовского (36). Игумен монастыря Паисий, которому был обещан епископский сан за клевету на своего учителя и девять монахов, подкупленные и запуганные, дали нужные показания. Остальное было делом техники. В ноябре 1568 года епископы-заговорщики собрали собор. Приговор собора, как и многие другие документы того времени, впоследствии был "утерян". Но известно, что особенно яростно "обличал" святого архиепископ Пимен, надеявшийся стать митрополитом (37). Надо особо отметить, что "царь не вмешивался в решения собора и противникам Филиппа пришлось самим обращаться к царю" (38). Г. П. Федотов, несмотря на всю свою предубежденность против царя, отметил: "Святому исповеднику выпало испить всю чащу горечи: быть осужденным не произволом тирана, а собором русской церкви и оклеветанным своими духовными детьми" (39). Из этого видно, что Иоанн добросовестно соблюдал подписанное соглашение о разграничении сфер деятельности церковной и светской власти. Царь пытался защитить святителя, но не мог нарушить соборного постановления. Свергнутый митрополит был арестован лично участником заговора А. Басмановым и заточен в Тверской Отрочь монастырь под надзор еще одного заговорщика, "пристава неблагодарна" Стефана Кобылина.
Но враги святителя просчитались. Пимен не стал митрополитом - Иоанн был не так прост и призвал на место св. Филиппа Троицкого игумена Кирилла. А в сентябре 1569 г. началось следствие о связях московских и новгородских изменников и их участии в устранении Филиппа. Святой стал очень опасным свидетелем и его решили убрать. Когда Малюта Скуратов, руководивший расследованием, достиг Твери, святитель был уже мертв. Малюте оставалось только доложить обо всем Иоанну. "Царь… положил свою грозную опалу на всех виновников и пособников его (св. Филипна -авт.) казни" (40). Паисий был заточен на Валааме. Филофей лишен сана, пристав Кобылий, так неудачно "охранявший" святого, сослан в монастырь (41). Были казнены Басмановы и, после бездарной обороны Москвы в 1571 г., князь Темкин-Ростовский. Не ушли от расплаты и другие преступники, в первую очередь Пимен, заключенный в Веневский Никольский монастырь.
