Теперь целью Цезаря было оградить себя и свое войско от возможных случайностей. Этого можно было достичь, захватив остров Фарос с примыкающей к нему плотиной. В феврале 49-го года Эвфранор, командующий римским флотом, с разрешения Цезаря напал на остров. Фаросцы не смогли долго сопротивляться хорошо обученной армии. Цезарь разрешил солдатам воспользоваться добычей и разграбить дома. Форт у моста поблизости от Фароса он укрепил и поставил там гарнизон. Дальнейшие события чуть было не стоили Цезарю жизни.
Ему не удалось установить полный контроль над дамбой, соединяющей Фарос с александрийским берегом. Египетский десант неожиданно напал, помешав солдатам Цезаря сооружать баррикады на ближайшем к берегу конце дамбы. Сначала завязался бой, но через некоторое время стал ощущаться перевес в силах у александрийцев. Римские легионеры неожиданно запаниковали и бросились в беспорядочное бегство. Александрийцы, по-видимому, ободренные этим, начали энергичное преследование. Часть отступающих добралась до ближайших кораблей, но корабли не могли выдержать такого количества людей и стали тонуть. Те, кто не успел убежать, были перебиты египетским войском. Страшно было смотреть тем, кто наблюдал за боем, как солдаты, прикрывая головы щитами, пытались вплавь достичь кораблей, готовых к отходу. Цезарь, не имея сил сдержать беспорядочное отступление, пытался хотя бы ободрить своих солдат, хотя сам тоже находился в опасности. Вместе с последними солдатами он отступил к своему кораблю, но тот оказался настолько перегружен солдатами, что не было возможности даже оттолкнуть его от берега. Цезарь бросился в воду, чтобы вплавь добраться до ближайших кораблей. Со всех сторон на него сыпались стрелы, однако он упорно плыл, держа в правой руке важные документы. Он видел, как его корабль, перегруженный людьми, погиб. Доплыв до ближайшего судна, Цезарь стал посылать свободные лодки за изнемогавшими людьми, спасая своих верных солдат. Немногих удалось спасти. В этом сражении римляне потеряли около четырехсот легионеров, еще больше было убито гребцов и флотских солдат.
Несмотря на поражение, римляне доказали противнику, что неудачи не лишают их мужества. Легионеры снова рвались в бой, чтобы отомстить за свое поражение и гибель друзей.
Теперь пришло время Цезарю заняться внутренними делами Египта. Ведь Птолемей XIII все еще оставался под домашним арестом. Он, сам иногда не понимая этого, оставался главным источником дворцовых интриг и конфликтов.
