Память о разрушительных итогах прошедшего десятилетия была слишком свежа, чтобы автоматически полагаться на прежние концепции. Программа Г. Грефа была подвергнута экспертизе в структурах исполнительной власти, в течение года в нее вносились бессчетные поправки, но она так и не получила официального одобрения со стороны главы государства. Более того, президент поручил группе экономистов во главе с губернатором Хабаровского края, членом-корреспондентом Российской Академии наук Виктором Ишаевым подготовить альтернативную программу.
22 ноября 2000 года новый разработанный документ был представлен на первом заседании только что сформированного президиума Государственного совета, на котором собрались представители кремлевской и региональных администраций России во главе с В. Путиным. Программа В. Ишаева, изложенная на 100 страницах, была признана «значительной и важной». Но В. Путин не был бы самим собой, если бы твердо и решительно высказался в пользу одного из двух предложенных вариантов развития. Документ, подготовленный группой В. Ишаева, предусматривал совершенно иной путь для России. Он основывался на необходимости решающей роли государства в преодолении разрухи и выводе страны на дорогу устойчивого развития. Предлагалось сконцентрировать все усилия на возрождении реального сектора экономики, мобилизовав для этого все ресурсы и сохранившиеся мощности российской промышленности. Государство должно было стать основным инвестором в инфраструктурные сферы экономики (энергетику, транспорт и т. д.). Говорилось о неотложной необходимости расширить внутренний рынок путем повышения уровня жизни населения. Если программа Г. Грефа предусматривала сокращение социальных обязанностей государства, то вариант В. Ишаева исходил из необходимости сохранения социальной компоненты государственной политики.
В какой-то мере политический курс, предложенный группой под руководством В. Ишаева, можно сравнить с известной программой Франклина Рузвельта, получившей название «Новый курс», направленной на преодоление последствий экономического кризиса 1929 года. В. Путин не может претендовать на масштаб Ф. Рузвельта как политик. (Только в 2006 году он впервые упомянул в своем ежегодном Послании Федеральному собранию имя этого выдающегося государственного деятеля США, публично выразив зависть к его политике). Поэтому он не решился принять за основу своего курса программу В. Ишаева. В. Путин в свойственной ему манере предложил объединить предложения группы Грефа и Ишаева и создать комбинированный вариант, то есть запрячь в одну повозку «коня и трепетную лань». Ничего путного из этого, разумеется, не получилось. Вода и масло не смешиваются.
