Исключительно важную роль в формировании философии и науки нового времени сыграла Реформация, которая внесла существенные перемены в общую духовную атмосферу и хозяйственную жизнь Западной Европы. Протестантизм выступил с критикой католической церкви с характерным для нее принципом иерархии. В кальвинизме, особенно у его английских последователей, борьба против иерархического принципа, господствовавшего в средневековом миросозерцании, велась наиболее ожесточенно. Не признавая необходимости в посредниках между человеком и Богом и тем самым отвергая иерархию церковных властей, протестанты подчеркивали, что Бог непосредственно обращается к каждому человеку и столь же непосредственно правит Вселенной, не нуждаясь в сонме небесных чинов - ангелов и архангелов, проводников божественной воли в мире. Поскольку космическая иерархия в средние века осмыслялась с помощью философии и физики Аристотеля, то именно Аристотель стал предметом ожесточенной критики со стороны протестантских богословов; на него особенно обрушивались пиетисты, считавшие как раз учение греческого философа источником католической неблагочестивости. И Лютер, и Кальвин, критикуя схоластику, видели в Аристотеле главного виновника того интеллектуализма, который, по их мнению, едва ли не вытеснил веру в католической церкви. Так, Лютер, требуя перестроить университетское образование, обличает язычество, насаждаемое в университетах с помощью прежде всего аристотелевской философии. В университетах, пишет он, "царит распущенность, священному писанию и христианской вере уделяется мало внимания; в них единолично властвует - затмевая Христа - слепой языческий наставник Аристотель. И я советовал бы полностью изъять книги Аристотеля: Physicorum, Metaphysica, De Anima, Ethicorum, которые до сих пор считались лучшими, вместе со всеми другими, славословящими естественные вещи, хотя на основании их нельзя изучить ни естественные, ни духовные предметы... Я осмеливаюсь сказать, что (любой) гончар имеет более глубокие знания о естественных вещах, чем можно почерпнуть из книг Аристотеля. Мое сердце скорбит, что проклятый, высокомерный, лукавый язычник своими лживыми словами совратил и одурачил столь многих истинных христиан".
Противопоставление веры и знания, характерное для протестантизма, привело к сознательному стремлению ограничить сферу применения разума миром "земных вещей", поскольку трансцендентный Бог, по убеждению протестантских богословов, есть исключительно предмет веры, а не знания. Под "земными вещами" понималось прежде всего практически ориентированное познание природы. Предоставив дело спасения души "одной лишь вере", протестантизм тем самым вытолкнул разум на поприще мирской практической деятельности ремесла, хозяйства, политики. Применение разума в практической сфере тем более поощрялось, что сама эта сфера, с точки зрения реформаторов, приобретает особо важное значение: труд выступает теперь как своего рода мирская аскеза, поскольку монашескую аскезу протестантизм не принимает. Отсюда уважение к любому труду - как крестьянскому, так и ремесленному, как деятельности землекопа, так и деятельности предпринимателя. Этим объясняется характерное для протестантов признание особой ценности технических и научных изобретений, всевозможных усовершенствований, которые способствуют облегчению труда и стимулируют материальный прогресс.
