В 1794 году преподобный Серафим оставил обитель для безмолвных подвигов в пустыне и стал жить в лесу в келии в 5 км от монастыря. Келья преподобного Серафима находилась в дремучем сосновом лесу, на берегу реки Саровки, на высоком холме, верст за 5–6 от монастыря, и состояла из одной деревянной комнатки с печкой. Подле кельи преподобный устроил огород, а потом и пчельник. Все время проходило для ревностного подвижника Христова в непрестанных молитвах и псалмопениях, чтении священных книг и телесных трудах. В холодную пору преподобный собирал сучья и хворост и рубил своим топориком дрова для отопления своей кельи. Летом он работал на своем маленьком огородике, овощами которого он преимущественно питался. Житие сообщает о случае, как преподобный из рук кормил медведя хлебом. Однажды на него в лесу напали разбойники и в великой злобе проломили обухом топора голову. В келии для себя они ничего не нашли. Позже эти люди были установлены, но отец Серафим простил и упрашивал не наказывать их.
В 1807 году принял на себя иноческий труд молчания, старался ни с кем не встречаться и не общаться. 3 года преподобный о. Серафим провел в совершенном молчании, ни с кем не говоря ни слова. Желая подражать св. Семиону столпнику, о. Серафим 1000 дней и 1000 ночей простоял на камне. Камней, на которых он стоял, было два: один находился в его кельи, здесь подвижник стоял с утра до вечера, сходя с него только для принятия пищи, а по закате солнца он переходил на камень, находившийся в лесу, и стоял на нем всю ночь до рассвета с воздетыми к небу руками, молясь Богу словами мытаря: Боже, милостив буди мне, грешному!
После 16-летнего пребывания в своей пустыне в 1810 году о. Серафим возвратился в монастырь, но ушёл в затвор на 17 лет до 1825 года, никуда не выходя и понемногу ослабляя строгость своего затвора. Первые 5 лет никто не видел его, и даже брат, приносивший ему скудную пищу, не видел, как старец брал ее. Затем святый старец открыл келейную дверь, и всякий мог приходить к нему, но на вопросы имевших в нем нужду не отвечал, приняв обет молчания пред Богом и безмолвно продолжая свое духовное делание. В келье не было ничего, кроме иконы Богоматери, перед которой теплилась лампада, и обрубка пня, служившего ему стулом. Дубовый некрашенный гроб стоял в сенях, и старец молился близь него, готовясь постоянно к переходу от временной жизни к вечной. Через 10 лет безмолвного затворничества по Вышней воле преподобный Серафим снова отверз свои уста для служения миру — своей любовию, ниспосланной от Бога благодатными дарованиями учительства, прозорливства, чудес и исцелений, своим духовным руководством, молитвою, утешением и советами. Двери кельи его стали открыты для всех — от ранней литургии до восьми часов вечера. Среди многочисленных посетителей являлись к святому Серафиму и знатные лица и государственные деятели, коим он делал соответствующие наставления, поучая их верности святой Православной Церкви и отечеству. Посещали старца и лица царской фамилии, в том числе императором Александром I.
