После 16-летнего пребывания в своей пустыне в 1810 году о. Серафим возвратился в монастырь, но ушёл в затвор на 17 лет до 1825 года, никуда не выходя и понемногу ослабляя строгость своего затвора. Первые 5 лет никто не видел его, и даже брат, приносивший ему скудную пищу, не видел, как старец брал ее. Затем святый старец открыл келейную дверь, и всякий мог приходить к нему, но на вопросы имевших в нем нужду не отвечал, приняв обет молчания пред Богом и безмолвно продолжая свое духовное делание. В келье не было ничего, кроме иконы Богоматери, перед которой теплилась лампада, и обрубка пня, служившего ему стулом. Дубовый некрашенный гроб стоял в сенях, и старец молился близь него, готовясь постоянно к переходу от временной жизни к вечной. Через 10 лет безмолвного затворничества по Вышней воле преподобный Серафим снова отверз свои уста для служения миру — своей любовию, ниспосланной от Бога благодатными дарованиями учительства, прозорливства, чудес и исцелений, своим духовным руководством, молитвою, утешением и советами. Двери кельи его стали открыты для всех — от ранней литургии до восьми часов вечера. Среди многочисленных посетителей являлись к святому Серафиму и знатные лица и государственные деятели, коим он делал соответствующие наставления, поучая их верности святой Православной Церкви и отечеству. Посещали старца и лица царской фамилии, в том числе императором Александром I.
Покровительствовал Дивеевской женской обители.
12 раз посещала Пресвятая Богородица святого угодника. В 1831 году сподобился видения Богородицы в окружении Иоанна Крестителя, Иоанна Богослова и 12 дев, которое было как бы предзнаменованием его блаженной кончины и ожидающей его нетленной славы. Скончался в 1833 году в Саровском монастыре в своей келии во время молитвы. 2 января (по ст. стилю) в шестом часу вечера братия, войдя в келью преподобного, увидели его стоящим на обыкновенном месте молитвы пред аналоем на коленях. Его руки, сложенные крестообразно, лежали на аналое, на книге, по которой он совершал свой молитвенный труд перед образом Божьей Матери «Умиления», а на руках — голова. Полагая, что он уснул, стали осторожно его будить, но ответа не было: старец Серафим окончил свое земное странствование и в Боге почил на веки. Тело преподобного было положено в приуготовленный им же при жизни дубовый гроб и погребено по правую сторону соборного алтаря.
Весть о кончине святого старца быстро распостранилась повсюду, и вся окрестность Саровская быстро стеклась в обитель. Особенно тяжка была скорбь Дивеевских сестер, потерявших в нем своего любимого духовного отца и попечителя.
