После смерти патриарха константинопольского Нетария в 398 г. Иоанн Златоуст был вызван для поставления на столичную патриаршую кафедру. Он развил энергичную деятельность. Многочисленным готам, проживавшим в столице, он предоставил собственный храм и духовенство, которое могло совершить службу на их языке. Для больных и неимущих он строил госпитали и приюты, он заботился и о распространении утверждений христианской веры во Фракии, Финикии, Палестине, Персии и других местах. Будучи плохим, неловким дипломатом, он вскоре был вовлечен в острые конфликты с некоторыми коллегами по должности и с императорским двором, склонным к интригам. Когда он указывал роскошно живущим вельможам на их социальный долг, первоначальное расположение этого слоя обратилось в ненависть. Императрица Евдоксия возглавила придворную травлю Иоанна, к которой присоединились некоторые иерархи, и прежде всех Феофил Александрийский.
На так называемом Дубовом поместном соборе в 403 г. (в монастыре Rufinianai под Халкедоном, где рос огромный дуб) Иоанну были предъявлены совершенно необоснованные обвинения в нарушении канонов православия и недостойном образе жизни, он был низложен и отправлен императором в изгнание в Вифинию (северозападная Малая Азия). Той же ночью в Константинополе произошло землетрясение, что было поводом для его возвращения. И народ очень бурно его приветствовал. Однако через 2 месяца возобновились интриги, и в 404 г. он был во второй раз изгнан, на этот раз в Кукуч, на армянской границе (северовосточнее нынешнего Agana, юговосточная Малая Азия). Папа Иннокентий I и все духовенство Запада напрасно за него заступались. Здесь он прожил 3 года и укреплял оставшуюся ему верной общину многочисленными посланиями. В ответ на это его враги добились от императора ужесточения его ссылки. Его отправили в Пифиуит (на восточном берегу Черного моря). По пути туда святой Иоанн Златоуст умер в Команах (ныне Tekat, северовосточная Малая Азия) от перенесенных тягот и мучений. Через 10 лет после смерти Иоанна Златоуста признали святым, канонизировали и мощи его перевезли в константинопольский храм Святых апостолов, а позднее перенесено в собор Св. Петра в Рим. Вся жизнь святого являлась чудом. Но и после его кончины чудеса не закончились. Очевидцы утверждают, что мощи его издавали благоухание, и достаточно было прикоснуться к покрывалу гроба, где покоились святые мощи, чтобы излечиться от болезней.
