По приезде в Петербург Дашкова получает назначение президентом Академии наук. Ее первое побуждение – отказаться. Г.А. Потемкину-Таврическому приходится применить все свое красноречие, чтобы удержать Дашкову от этого шага. Главный довод «светлейшего» – отчаянное положение Академии, которую раскрадывает ее руководство, и – возможность влияния на императрицу. Если второе представляется Екатерине Романовне крайне сомнительным – и она оказывается права, – то первое побуждает приняться за дело. Княгиня деятельно и умело начинает искоренять финансовые злоупотребления. Она увеличивает число воспитанников Академии наук, существенно улучшает деятельность академической типографии, выпускавшей так необходимую для России научную и учебную литературу. Наконец, Дашкова высказывает мысль о необходимости основания Российской Академии, занятой вопросами языка. Екатерина II поддерживает княгиню, назначает ее президентом и этой Академии. Во вступительной речи Дашкова заявляет: «Вам известны, господа, богатство и обилие нашего языка… но нам недостает точных правил, пределы и значения слов не определены, в наш язык вошло много иностранных оборотов». Отсюда следует предложение начать работать над русской грамматикой и русским академическим словарем. В этом последнем Дашкова и сама принимает самое деятельное участие, собирает слова, классифицирует их, находит необходимые объяснения.
Одновременно Дашкова занимается изданием географических карт разных губерний. В ее периодическом литературном обозрении – журнале – участвуют сама Екатерина II, Г.Р. Державин, Д.И. Фонвизин. Но это не означало восстановления былых доверительных отношений с императрицей. Дашкова по-прежнему не собирается мириться с толпой неграмотных и самовлюбленных фаворитов: Екатерина II, далеко отойдя от идеалов своей молодости, одинаково пугается сочинения А.Н. Радищева и последней трагедии скончавшегося Я.Б. Княжнина, которую княгиня разрешает напечатать в академической типографии. К тому же, и это едва ли не самое главное для Екатерины Романовны, наступает полоса семейных неурядиц. Проматывает вместе с мужем свое приданое, не вылезает из долгов и постоянно болеет дочь. Сын, на образование которого потрачено столько душевных сил, едва освободившись от опеки матери, женится без ее ведома и согласия на полуграмотной неумной девушке, дочери тюремного смотрителя. Мир Дашковой рушится, и она не находит в себе сил сопротивляться этому крушению. Она решает отказаться от всех должностей, уехать в деревню, заняться сельским хозяйством. Прощание с императрицей окончательно лишило княгиню сил: Екатерина найдет для нее всего несколько сухих, раздраженных слов.
