Так состоялось возвращение Шапошникова к руководству Генеральным штабом. Сам Жуков оценил это событие кратко и исчерпывающе; «Борис Михайлович являлся одним из наиболее глубоких военных ученых нашего государства, сочетавших знание теории военной науки с большим практическим опытом работы по оперативно-стратегическим вопросам... 30 июля 1941 года, когда меня назначили командующим Резервным фронтом, Шапошников стал вновь начальником Генерального штаба. Зная дело Генштаба до тонкостей, он быстро провел ряд организационных мероприятий, способствовавших улучшению работы этого главного рабочего органа Ставки. Большое личное трудолюбие и умение Шапошникова работать с людьми оказали заметное влияние на рост общего искусства управления войсками в Действующей армии и особенно со стороны Генштаба».
Шапошников немедленно включился в работу. Он начал ее с участия 30 июля в обсуждении в Ставке вопроса о мероприятиях по усилению обороны Ленинграда. В тот момент Ставка располагала данными, что на Северо-Западном направлении враг, где его наступление, хотя и с большим трудом, было временно приостановлено, спешно готовит с целью овладения Ленинградом три ударные группировки: одну — для наступления на Копорское плато, вторую — в районе Луги для удара вдоль шоссе Луга — Ленинград, третью — северо-западнее Шимска для наступления на новгородско-чудовском направлении. В Ставку были вызваны главком Северо-Западного направления Ворошилов и член Военного совета Жданов.
По возвращении из Ставки в Генштаб (это было около 4 часов утра 31 июля) Борис Михайлович объявил мне, что в Ставке среди других вопросов стоял вопрос об усилении аппарата командования Северо-Западного направления и что Ворошилов по окончании заседания предложил назначить меня на должность начальника штаба. Шапошников поинтересовался моим мнением. Я совершенно искренне считал, что если Климента Ефремовича не удовлетворял в этой должности такой способный, всесторонне подготовленный оперативный работник, как М. В. Захаров, то уж я, безусловно, вряд ли ему подойду. Шапошников предупредил меня, что вечером Ставка вновь будет заниматься Северо-Западным направлением и что, видимо, вопрос о моем назначении будет решен. Он рекомендовал использовать оставшееся время для более детального изучения оперативной обстановки на этом направлении.
Шапошников отпустил меня. Весь день я просидел, погрузившись в карты и бумаги. А глубокой ночью, вернувшись из Кремля, начальник Генштаба вызвал меня к себе и протянул лист бумаги:
