Алексеевское училище в ту пору, когда учился в нем Шапошников, считалось одним из лучших. Оно давало своим питомцам не только специальную подготовку для командира взвода, но и способствовало их чисто военному и общему развитию. Программой, рассчитанной на два года, предусматривалось изучение тактики различных родов войск применительно к существовавшей тогда организации: общая тактика (на старшем курсе) с кратким понятием о стратегии; уставы; законоведение; военная администрация; военная историй, главным образом русская, от Петра I до русско-турецкой войны 1877 — 1878 годов, механика, физика и химия; русская словесность; иностранные языки — французский и немецкий. По артиллерии и инженерному делу имелись хорошие кабинеты. Оценка успеваемости производилась по 12-балльной системе.
Вся жизнь в училище подчинялась строгому распорядку дня: подъем в 6.30 утра, в 7.30 построение на утренний осмотр, затем утренний час, с 8.30 до 14.00 занятия в учебных классах с большой переменой в 11 часов, во время которой давался горячий завтрак (обычно котлета с черным хлебом, кружка чаю и два куска сахару). С 14 до 16 часов проводились строевые занятия. С 16 до 17 часов обед (из двух блюд; по праздничным дням и один раз среди недели давалось сладкое), после чего разрешался полуторачасовой отдых. С 18.30 до 20.00 — самостоятельная подготовка в классе уроков на следующий день. В 20 часов был вечерний чай (кружка чаю с белым хлебом), затем вечерняя перекличка и молитва. С 21.00 до 22.30 юнкера находились в своих помещениях или в читальне. В это время разрешалось заниматься и в классе. В 22.45 — отбой.
Все юнкера были на полном содержании военного ведомства, но никакого жалованья не получали. При переходе из младшего класса в старший держали экзамены, а затем выпускные экзамены при окончании старшего класса.
Борис Шапошников воспринимал как необходимость этот жесткий распорядок дня, строгую дисциплину, насыщенность каждого дня занятиями. Учился он легко и к концу первого года имел переводной балл 11,6, занимая первое место по списку юнкеров младшего класса. Выделялся он и в занятиях по строевой подготовке.
Вспоминая о своей учебе в Алексеевском училище, Борис Михайлович по-разному отзывался о преподавателях и воспитателях, которые работали там в ту пору. Были среди них и опытные педагоги, и, как он говорил, нудные. Среди всех выделял он непосредственного начальника и воспитателя полуротного своего командира штабс-капитана лейб-гвардии Кексгольмского полка Бауэра (полуротные командиры числились прикомандированными к училищу и оставались в списках своих полков).
